结论前置：员工迟到一秒钟扣员工半个小时工资，其合法性取决于公司的规章制度、扣罚的合理性以及是否符合劳动法律法规的相关规定。若公司规章制度不合法、扣罚不合理或违反劳动法律法规，则该扣罚行为不合法。
详细分析：
公司规章制度的合法性：
- 公司必须有明确、合理且合法的规章制度，且该制度需经过民主程序制定，并向员工公示或告知。若公司未经过合法程序制定规章制度，或规章制度内容不合法，则扣罚行为缺乏法律依据。
扣罚的合理性：
- 迟到一秒钟通常只是短暂的时间偏差，而扣除半个小时工资则显然在惩罚力度上不成比例。这种扣罚方式违背了公平合理原则，可能构成对劳动者权益的侵害。
- 即便公司有合法规章制度，扣罚也应遵循适度原则，确保扣罚金额与迟到行为的性质、后果相匹配。
劳动法律法规的约束：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保护劳动者劳动报酬权益的基本法律原则。
- 若公司扣罚行为违反劳动法律法规，如扣罚金额超过法定限额、扣罚程序不合法等，则扣罚行为不合法。
特殊情况处理：
- 若公司规章制度明确规定了迟到一秒钟扣半个小时工资的内容，并且该规章制度合法、合理且经过民主程序制定及公示，那么从形式上看，公司有权依此执行。但劳动者仍有权对规章制度的合理性提出质疑，并通过合法途径寻求解决。
- 在实践中，劳动者若认为公司扣罚行为不合法或不合理，可以首先与公司进行协商解决。协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结与建议：
综上所述，员工迟到一秒钟扣员工半个小时工资的行为，其合法性存在疑问。公司在制定规章制度时应确保制度的合法性、合理性以及符合劳动法律法规的相关规定。劳动者在遇到不合理扣罚时，应积极维护自己的权益，通过合法途径寻求解决。若你有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。