核心结论：加班到凌晨第二天上午未上班的考勤及工资计算问题，需结合公司规章制度、劳动合同约定及实际加班情况综合判断，具体分以下两种情形分析：

1. 若公司规章制度或劳动合同明确规定“加班后调休或补休”

• 考勤处理：若前一日加班至凌晨已履行调休审批手续（如提交加班申请并获批次日补休），则第二天上午未上班属于合法调休，不视为旷工或迟到。
• 工资计算：调休期间工资按正常出勤发放，公司无需额外支付加班费。但需注意：若加班时间属于法定休假日（如国庆节），则公司必须支付300%工资，不可用调休替代。

2. 若未安排调休或未履行审批手续

• 考勤处理：
  • 若第二天上午未上班且无合理理由（如突发疾病需提供病假证明），可能被认定为旷工或迟到，公司可依据规章制度扣减工资或进行纪律处分。
  • 若加班至凌晨导致身体极度疲劳，可尝试与公司协商补休或病假，但需及时补交证明材料。
• 工资计算：
  • 工作日加班：前一日凌晨加班部分应按不低于工资的150%支付加班费；第二天未出勤部分若被认定为旷工，则可能扣减当日工资。
  • 休息日加班：若前一日为休息日且未调休，加班部分应按200%支付工资；第二天未出勤需按公司规定处理。

关键提醒

1. 证据保留：建议保留加班记录（如打卡记录、工作邮件、同事证言等），以便在纠纷中证明加班事实。
2. 制度合规性：公司规章制度需经民主程序制定并公示，否则可能被认定为无效，员工可主张按法定标准计算加班费。
3. 协商优先：若公司拒绝支付加班费或不合理扣减工资，可先通过书面形式（如邮件、微信）与公司协商，明确诉求及法律依据。

建议行动：若您已遇到此类纠纷，可进一步提供具体信息（如加班时间性质、公司制度内容等），我将为您分析维权路径及证据清单。