结论：按照实际出勤的方式扣工资是否合理，需结合具体情况判断，包括劳动合同的约定、公司规章制度的规定以及是否符合法律法规的要求。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同与公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了工资的计算方式，包括按照实际出勤天数计算工资，那么公司按照这种方式扣工资是合理的，因为这是双方协商一致的结果。
- 如果劳动合同中没有明确约定工资的计算方式，或者约定不明确，那么公司不能单方面决定按照实际出勤天数扣工资，而需要与员工协商一致或依据公司规章制度执行。
公司规章制度：
- 公司规章制度中如果明确规定了工资的计算方式，包括按照实际出勤天数计算工资，并且该规章制度已经经过民主程序制定、公示或告知员工，那么公司按照这种方式扣工资也是合理的。
- 如果公司规章制度中没有相关规定，或者规定不明确，或者规章制度制定程序不合法（如未经过民主程序、未公示或告知员工等），那么公司不能依据该规章制度按照实际出勤天数扣工资。
二、法律法规的角度
最低工资标准：
- 无论公司按照何种方式计算工资，员工的工资都不得低于当地的最低工资标准。如果按照实际出勤天数计算工资导致员工工资低于最低工资标准，那么这种计算方式是不合法的。
加班工资与休息日工资：
- 如果员工存在加班或休息日工作的情况，公司应当按照法律法规的规定支付加班工资或休息日工资。如果公司仅按照实际出勤天数计算工资，而未考虑加班或休息日工作的因素，那么这种计算方式可能侵犯员工的合法权益。
病假、事假等特殊情况的工资支付：
- 对于病假、事假等特殊情况，法律法规或公司规章制度可能规定了特殊的工资支付方式。公司应当按照这些规定支付工资，而不能简单地按照实际出勤天数扣工资。
三、实际操作建议
审查劳动合同与公司规章制度：
- 员工应当仔细审查自己的劳动合同和公司规章制度，了解工资的计算方式以及相关规定。如果发现公司按照实际出勤天数扣工资的方式存在不合理之处，可以与公司进行协商或提出异议。
保留相关证据：
- 员工应当保留好自己的考勤记录、工资条等相关证据，以便在发生纠纷时能够证明自己的出勤情况和工资支付情况。
寻求法律援助：
- 如果员工认为公司按照实际出勤天数扣工资的方式侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉举报。
举例说明：假设某员工的月工资为5000元，劳动合同中约定按照实际出勤天数计算工资。该员工某月出勤20天（当月应出勤天数为22天），那么公司按照实际出勤天数计算的工资应为\(5000 \div 22 \times 20 \approx 4545.45\)元。如果公司按照这种方式计算工资，并且没有违反其他法律法规或公司规章制度的规定，那么这种计算方式是合理的。但如果公司未考虑加班或休息日工作的因素，或者计算出的工资低于最低工资标准，那么这种计算方式就是不合理的。
总结：按照实际出勤的方式扣工资是否合理，需结合劳动合同的约定、公司规章制度的规定以及是否符合法律法规的要求进行综合判断。员工应当仔细审查自己的劳动合同和公司规章制度，了解工资的计算方式以及相关规定，并在必要时寻求法律援助或向劳动监察部门投诉举报。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。