结论前置：公司一直按照实际出勤天数计算工资，在大多数情况下是合法的，但具体是否合法还需结合劳动合同的约定、是否遵守最低工资标准、加班费支付情况以及带薪假期的处理等多个因素来综合判断。
合法性分析
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了工资按照实际出勤天数来计算，并且这一约定不违反国家法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。例如，合同中可能规定“工资计算方式为基本工资除以应出勤天数，再乘以实际出勤天数”。
最低工资标准：
- 无论工资如何计算，用人单位支付劳动者的工资都不得低于当地最低工资标准。这是《中华人民共和国劳动法》的明确规定。因此，即使按照实际出勤天数计算工资，也应确保薪资水平满足这一要求。
加班费支付：
- 如果劳动者存在加班情况，用人单位必须按照法律规定支付加班费。加班费通常根据加班的时间和类型（如平时延时加班、周末加班、法定节假日加班）来计算，并应包含在工资总额中。如果用人单位在按实际出勤天数计算工资时，未依法支付加班费，则这种做法是不合法的。
带薪假期的处理：
- 员工依法享有的带薪年假、病假（在规定医疗期内）、婚假、产假、陪产假等带薪假期，用人单位应视为正常出勤并支付工资。如果用人单位在这些假期期间扣除工资，则违反了劳动法的规定。
实际操作建议
审查劳动合同：
- 劳动者应仔细审查劳动合同中的工资条款，确保工资计算方式明确且合法。如果合同中有不明确或不合法的条款，应及时与用人单位沟通并寻求修改。
了解最低工资标准：
- 劳动者应了解当地的最低工资标准，并确保自己的工资不低于这一标准。如果用人单位支付的工资低于最低工资标准，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
保留加班证据：
- 如果劳动者存在加班情况，应保留好加班的证据（如加班通知、考勤记录等），以便在需要时向用人单位主张加班费。
及时沟通协商：
- 如果劳动者对工资计算方式有疑问或不满，应及时与用人单位沟通协商。通过友好协商，往往可以达成双方都能接受的解决方案。
法律后果
如果用人单位违反劳动法律法规的规定，未按照约定或法律规定支付工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。劳动监察部门或劳动仲裁机构将依法对用人单位进行处罚，并要求用人单位补发工资、支付加班费或赔偿金等。
总结：公司一直按照实际出勤天数计算工资在大多数情况下是合法的，但必须确保遵守劳动合同的约定、最低工资标准、加班费支付规定以及带薪假期的处理等法律法规。劳动者应了解自己的权益和义务，并在必要时采取适当的措施维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。