结论前置：公司按照实际出勤日扣工资是否违法，需结合具体情况及法律规定综合判断，并不必然违法，但必须确保不损害劳动者的合法权益，且符合相关法律法规的规定。

合法性分析

1. 劳动合同约定：

   • 如果劳动合同中明确约定了工资按照实际出勤日计算，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照实际出勤日扣工资是合法的。

2. 最低工资标准：

   • 即使按照实际出勤日计算工资，劳动者的工资报酬也不得低于当地最低工资标准。如果计算后的工资低于最低工资标准，则构成违法。
   • 计算公式：假设当地最低工资标准为M元/月，劳动者实际出勤天数为N天，月计薪天数为21.75天（根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》），则劳动者应得工资至少为 \(M \div 21.75 \times N\) 元。若实际计算工资低于此数值，则违法。

3. 加班费支付：

   • 如果劳动者存在加班情况，用人单位需依法支付加班费。仅按实际出勤日计算正常工作时间工资，而未支付加班费，则构成违法。
   • 加班费计算公式：
     • 工作日加班：不低于工资的百分之一百五十的工资报酬，即 \(日工资 \times 1.5 \times 加班小时数\)。
     • 休息日加班且不能安排补休：不低于工资的百分之二百的工资报酬，即 \(日工资 \times 2 \times 加班天数\)（或小时数，按实际加班情况折算）。
     • 法定休假日加班：不低于工资的百分之三百的工资报酬，即 \(日工资 \times 3 \times 加班天数\)（或小时数）。

4. 法定节假日工资：

   • 劳动者在法定节假日享有休息权，且用人单位应当依法支付工资。如果公司在法定节假日扣除劳动者工资，则构成违法。

特殊情况与建议

• 特殊情况：如果劳动合同中未明确约定工资计算方式，或者公司单方面改变工资计算方式且未经劳动者同意，则可能构成违约或违法。
• 建议：
  1. 审查劳动合同：劳动者应仔细审查劳动合同中的工资条款，确保自己的权益得到保障。
  2. 保留证据：劳动者应保留好工资条、考勤记录等证据，以便在发生纠纷时证明自己的权益。
  3. 及时沟通：如果劳动者对公司按照实际出勤日扣工资的做法有异议，应及时与公司沟通，明确表达自己的诉求和法律依据。
  4. 寻求法律帮助：如果沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，公司按照实际出勤日扣工资是否违法，需结合劳动合同约定、最低工资标准、加班费支付以及法定节假日工资等因素综合判断。劳动者应了解自己的权益和法律规定，及时与公司沟通并保留好相关证据，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。