结论：工程挂靠费一次性收取5000元是否合理，不能一概而论，需结合具体情况判断，包括挂靠项目的规模、风险程度、行业惯例以及双方协商结果等因素。以下从不同角度进行分析：
法律合规性角度：
- 挂靠行为的合法性：根据相关法律法规，工程挂靠行为本身是违法的。挂靠通常指没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义承揽工程，这种行为扰乱了建筑市场秩序，可能引发工程质量、安全等问题。因此，从法律合规性角度看，挂靠行为不应被鼓励，挂靠费的收取也缺乏合法依据。
- 合同效力：如果挂靠双方签订了挂靠协议，并约定了挂靠费，由于挂靠行为本身违法，该协议可能被认定为无效合同。无效合同自始没有法律约束力，因此，基于无效合同约定的挂靠费也不受法律保护。
行业惯例与市场行情角度：
- 行业惯例：在某些地区或行业，工程挂靠费可能存在一定的市场行情或惯例。然而，这并不意味着挂靠费就是合理的或合法的。行业惯例不能作为判断行为合法性的依据，只能作为参考。
- 市场行情：挂靠费的收取金额可能因项目规模、风险程度、地区差异等因素而有所不同。一次性收取5000元挂靠费，在某些小型项目或低风险项目中可能被视为合理，但在大型项目或高风险项目中则可能显得过低。
双方协商与公平性角度：
- 双方协商：挂靠费的收取金额应由挂靠双方根据项目实际情况、各自贡献及风险承担等因素进行协商确定。如果双方自愿达成一次性收取5000元挂靠费的协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么从合同自由原则出发，该协议可能是有效的（但需注意，由于挂靠行为本身违法，该协议仍可能面临被认定为无效的风险）。
- 公平性：在协商挂靠费时，应确保双方的权利义务对等，避免一方利用优势地位迫使另一方接受不合理的挂靠费。如果一次性收取5000元挂靠费明显偏离了市场行情或行业惯例，且未充分考虑挂靠方的实际贡献和风险承担，那么该费用可能被视为不公平。
建议：
- 避免挂靠行为：由于工程挂靠行为本身违法，且可能引发一系列法律问题，建议避免参与挂靠行为。
- 合法承揽工程：如果具备相应的资质和条件，应通过合法途径承揽工程，确保工程质量和安全。
- 咨询专业意见：如果涉及工程挂靠或相关法律问题，建议咨询专业律师或法律机构，以获取准确的法律意见和指导。
可能后果：
- 法律责任：如果参与工程挂靠行为，可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任等法律后果。
- 经济损失：如果挂靠协议被认定为无效或因其他原因导致纠纷，可能面临经济损失的风险。
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