被挂靠公司在从挂靠费里面扣管理费是否合理，需根据具体情况分析。

1. 挂靠行为的法律性质与风险：

   • “挂靠”行为在法律上通常不被支持，甚至可能构成违法。特别是在建筑、运输等行业，相关法律法规明确禁止挂靠行为。
   • 被挂靠公司在收取管理费的同时，需对挂靠行为产生的多方面法律责任负责，包括民事责任、行政责任及刑事责任。

2. 关于管理费的合理性分析：

   • 若挂靠合同中有明确约定管理费，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么被挂靠公司按照合同约定扣除管理费可能是合理的。
   • 然而，由于挂靠行为本身存在法律风险，且管理费往往被视为违法收益，因此，在没有明确合同约定或法律规定的情况下，被挂靠公司单方面扣除管理费可能缺乏法律依据。

3. 司法实践中的差异：

   • 在司法实践中，对于挂靠关系中管理费的收取存在意见差异。有法院认为，由于管理费属于违法收益，被挂靠公司无权主张；但也有法院认为，虽然管理费属于违法收益，但被挂靠公司在工程管理中付出了一定成本，有权在支付挂靠方的工程款中予以扣除。

4. 建议与风险提示：

   • 对于被挂靠公司而言，应谨慎对待挂靠行为，避免不必要的法律风险。若确需合作，应加强对挂靠单位的监督和管理，确保工程质量与安全，并尽量通过合法途径获取所需服务或资源。
   • 对于挂靠方而言，应了解挂靠行为的法律风险，并在签订挂靠合同时明确约定双方的权利义务，特别是关于管理费的约定。

综上所述，被挂靠公司在从挂靠费里面扣管理费是否合理，需根据具体情况分析。若挂靠合同中有明确约定且不违反法律法规，或司法实践中认可被挂靠公司的管理成本，那么扣除管理费可能具有合理性。但无论如何，挂靠行为本身存在法律风险，双方应谨慎对待并尽量通过合法途径合作。