公司收取挂靠费是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
一、合法情形
符合法律法规及行业规范：
- 在某些特定行业或领域，如建筑行业，挂靠行为可能受到一定程度的监管，但并非完全禁止。如果公司收取挂靠费的行为符合相关法律法规及行业规范，且挂靠方具备相应的资质和条件，那么这种行为可能是合法的。例如，建筑行业中，有资质的建筑公司允许其他无资质或资质较低的单位或个人以本公司的名义承揽工程，并收取一定的管理费或挂靠费，若该行为符合建筑法等相关法律法规的规定，且双方签订了合法有效的挂靠协议，明确了各自的权利和义务，那么这种收取挂靠费的行为可能是合法的。
双方自愿且协议合法：
- 如果公司收取挂靠费是基于双方自愿的原则，且挂靠协议的内容合法、有效，不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种行为也是合法的。例如，双方明确约定了挂靠费的金额、支付方式、支付时间等条款，且这些条款均符合法律法规的规定，那么公司收取挂靠费的行为就是合法的。
二、非法情形
违反法律法规的强制性规定：
- 如果公司收取挂靠费的行为违反了法律法规的强制性规定，如建筑法、招标投标法等，那么这种行为就是非法的。例如，建筑法明确规定禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。如果公司违反这一规定收取挂靠费，就可能面临行政处罚甚至刑事责任。
损害国家、集体或第三人的利益：
- 如果公司收取挂靠费的行为损害了国家、集体或第三人的利益，如通过挂靠行为逃避税收、规避监管等，那么这种行为也是非法的。例如，公司通过挂靠行为将工程转包给无资质的单位或个人，导致工程质量无法保证，给业主或第三方造成损失的，公司可能需要承担相应的法律责任。
挂靠协议无效或可撤销：
- 如果挂靠协议因违反法律法规的强制性规定、损害国家、集体或第三人的利益等原因而被认定为无效或可撤销，那么公司基于该协议收取的挂靠费也可能被认定为非法所得，需要予以退还或面临其他法律后果。
三、法律建议
审慎评估挂靠行为的合法性：
- 公司在考虑收取挂靠费之前，应审慎评估挂靠行为的合法性，确保挂靠方具备相应的资质和条件，且挂靠行为符合相关法律法规及行业规范的要求。
签订合法有效的挂靠协议：
- 如果公司决定收取挂靠费，应与挂靠方签订合法有效的挂靠协议，明确双方的权利和义务，包括挂靠费的金额、支付方式、支付时间等条款，以避免后续纠纷的发生。
遵守法律法规及行业规范：
- 公司在收取挂靠费的过程中，应严格遵守相关法律法规及行业规范的要求，不得损害国家、集体或第三人的利益，不得逃避税收或规避监管等。
寻求专业法律意见：
- 如果公司对挂靠行为的合法性或挂靠协议的条款存在疑问或不确定之处，建议寻求专业法律意见，以确保公司的行为合法合规。
总之，公司收取挂靠费是否合法取决于多种因素，包括挂靠行为的合法性、挂靠协议的合法性以及是否损害国家、集体或第三人的利益等。因此，公司在考虑收取挂靠费时，应审慎评估并遵守相关法律法规及行业规范的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。