建设工程公司收取挂靠费是不合法的。以下从法律背景、法律后果及实际指导意义三个角度进行详细分析：
一、法律背景
《中华人民共和国建筑法》的相关规定：
- 第二十六条明确规定，禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。同时，也禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。这一条款直接禁止了挂靠行为，即无资质或低资质单位通过挂靠有资质的单位来承揽工程。
- 第六十六条进一步规定，建筑施工企业转让、出借资质证书或者以其他方式允许他人以本企业的名义承揽工程的，将受到责令改正、没收违法所得、罚款等行政处罚，甚至可能被责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书。
《建设工程质量管理条例》的相关规定：
- 第二十五条重申了施工单位的资质要求与业务承揽限制，禁止施工单位允许其他单位或者个人以本单位的名义承揽工程。
- 第六十一条针对违法行为制定了具体罚则，包括没收违法所得、罚款、责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定：
- 第一条明确规定，没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的建设工程施工合同应认定无效。这一条款直接否定了挂靠合同的法律效力。
二、法律后果
行政责任：
- 主管部门可对挂靠方和被挂靠方处以工程合同价款一定比例的罚款，如2%至4%。
- 视情节采取停业整顿、降低资质等级直至吊销资质证书等措施。
民事责任：
- 挂靠协议无效后，双方需根据过错程度承担损失赔偿责任，包括因工程质量问题引发的连带赔偿。
- 被挂靠方作为名义上的承包人，往往需要对挂靠方的行为承担连带责任，这增加了被挂靠方的法律风险。
合同效力：
- 挂靠行为直接导致建设工程施工合同无效，这意味着合同中的条款对双方不再具有法律约束力。
- 法院在审理相关案件时，将依据法律规定认定合同无效，并根据具体情况处理工程款结算、工程质量责任等问题。
三、实际指导意义
避免挂靠行为：
- 建筑行业从业者应严格遵守相关法律法规，避免参与任何形式的挂靠活动。挂靠行为不仅违法，而且会给相关当事人带来严重的法律后果。
审查合作方资质：
- 企业在承接工程前，应仔细审查合作方的资质和信誉，确保合作的合法性和有效性。避免与无资质或低资质的单位合作，以降低法律风险。
及时举报挂靠行为：
- 对于发现的挂靠行为，应及时向相关部门举报，共同维护建筑市场的公平竞争和健康发展。举报挂靠行为有助于净化市场环境，保护合法企业的权益。
总结来说，建设工程公司收取挂靠费是不合法的，且会导致一系列严重的法律后果。因此，建筑行业从业者应严格遵守相关法律法规，避免参与挂靠活动，确保企业的合法经营和健康发展。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。