结论前置：挂靠公司收取管理费又收取项目经理费是否合理，需根据具体情况判断，包括挂靠协议的约定、费用的性质及合理性、是否违反法律法规的强制性规定等。以下从多个角度进行分析：

一、挂靠协议的约定

1. 协议内容：首先，需要查看挂靠协议中是否明确约定了管理费和项目经理费的收取条款。如果协议中有明确约定，且双方均同意并签署，那么从合同自由原则出发，挂靠公司收取这两项费用在合同层面是合理的。
2. 协议效力：然而，即使协议中有约定，如果费用的收取违反了法律法规的强制性规定（如超出法定范围、未履行相关审批手续等），或者存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，该约定可能被认定为无效或可撤销。

二、费用的性质及合理性

1. 管理费：管理费通常是挂靠公司为挂靠项目提供管理服务而收取的费用。如果挂靠公司确实提供了相应的管理服务，且费用标准合理，那么收取管理费是合理的。
2. 项目经理费：项目经理费则可能是针对项目经理个人或其团队为项目提供的特定服务而收取的费用。如果项目经理确实提供了额外的服务，且这些服务超出了挂靠公司通常提供的管理服务范围，那么收取项目经理费在理论上也是合理的。但关键在于，这项费用是否与项目经理的实际工作内容和贡献相匹配，以及是否在协议中有明确约定。

三、法律法规的强制性规定

1. 建筑法及相关规定：在建筑领域，挂靠行为本身可能受到一定的限制或禁止。如果挂靠行为违反了建筑法或相关行政法规的规定，那么即使协议中有约定，挂靠公司收取的费用也可能因违法而无效。
2. 税务法规：此外，还需要考虑税务法规对费用收取的影响。如果挂靠公司未按照税法规定履行纳税义务，或者费用收取方式不符合税务要求，那么可能面临税务风险。

四、实际操作中的建议

1. 审查协议：在签订挂靠协议前，应仔细审查协议条款，确保费用收取的合法性和合理性。如果可能的话，可以咨询专业律师或法律顾问的意见。
2. 保留证据：在合作过程中，应保留好与费用收取相关的所有证据，如发票、收据、银行转账记录等。这些证据在发生纠纷时将起到关键作用。
3. 及时沟通：如果对费用收取有疑问或不满，应及时与挂靠公司沟通协商。如果无法达成一致意见，可以考虑通过法律途径解决纠纷。

总结来说，挂靠公司收取管理费又收取项目经理费是否合理，需根据具体情况判断。在签订挂靠协议前，应仔细审查协议条款并咨询专业律师的意见；在合作过程中，应保留好相关证据并及时沟通协商；如果发生纠纷，可以考虑通过法律途径解决。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。