工程挂靠行为中，公司收取管理费是不合法的，且该行为本身就违反了我国相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：
一、工程挂靠的定义与性质
工程挂靠，通常指的是无资质或资质较低的企业或个人，通过非法手段获取有资质企业的名义和资质证书，以该企业的名义承揽工程的行为。这种行为不仅扰乱了市场秩序，还对工程质量、安全和行业健康发展带来了极大威胁。因此，我国法律明确禁止工程挂靠行为。
二、挂靠行为中公司收取管理费的非法性
违反法律法规：
- 根据《建筑法》等相关法律法规，工程挂靠行为是违法的。公司作为被挂靠方，允许他人以自己的名义承揽工程，并收取管理费，实际上是在为挂靠行为提供便利和庇护，从而构成了共同违法。
管理费性质：
- 管理费在挂靠行为中，往往被视为挂靠方支付给被挂靠方的“好处费”或“保护费”。这种费用不仅没有合法的依据，而且其本质是对违法行为的“投资”或“回报”，因此是不合法的。
三、法律风险提示与后果
行政处罚：
- 一旦挂靠行为被发现，相关方将面临严厉的行政处罚，包括但不限于罚款、降低资质等级、吊销资质证书等。这些处罚不仅会对公司的声誉和经营造成严重影响，还可能导致公司无法继续从事相关业务。
民事赔偿责任：
- 如果因挂靠工程出现质量安全事故等问题，公司作为被挂靠方，可能需要承担相应的民事赔偿责任。这包括赔偿受害者的损失、修复工程等费用，甚至可能面临巨额的赔偿请求。
刑事责任：
- 在某些情况下，如果挂靠行为构成犯罪（如重大责任事故罪、工程重大安全事故罪等），公司及其相关责任人员还可能面临刑事责任的追究。这可能导致公司被判处罚金、相关责任人员被判处有期徒刑等严重后果。
四、合法建议
对于想要从事工程建设活动的企业和个人来说，应该通过合法途径获取相应的资质和资格认证，并严格遵守相关法律法规和行业规范。具体来说：
依法获取资质：
- 企业和个人应该按照法律法规的要求，通过正当途径获取相应的工程建设资质和资格认证。这是从事工程建设活动的基本前提和必要条件。
遵守行业规范：
- 在从事工程建设活动时，企业和个人应该严格遵守行业规范和标准，确保工程质量和安全。同时，还应该积极履行社会责任，维护市场秩序和公共利益。
加强内部管理：
- 企业应该加强内部管理，建立健全的资质管理制度和风险防范机制。这有助于防止内部人员利用公司名义进行挂靠等违法行为，从而保护公司的声誉和经营安全。
综上所述，工程挂靠行为中公司收取管理费是不合法的，且该行为本身就违反了我国相关法律法规。对于企业和个人来说，应该依法获取资质、遵守行业规范、加强内部管理，以避免挂靠行为带来的法律风险和后果。如果您在工程建设领域遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。