结论前置：在自由工时制下签订的劳动合同，若休息日安排加班，一般仍需支付加班费，但具体是否支付及支付标准需依据劳动合同的具体约定以及相关法律法规来确定。以下从不同角度进行分析：
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的百分之二百支付劳动者工资。这一规定并未因工时制度的不同而有所例外，因此，在自由工时制下，若休息日安排加班且无法安排补休，用人单位仍需支付加班费。
劳动合同约定角度：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了自由工时制下休息日加班的支付标准或方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照劳动合同的约定来执行。但需要注意的是，劳动合同中的约定不能免除用人单位支付加班费的法定义务，如果约定低于法定标准，则该约定无效，用人单位仍需按照法定标准支付加班费。
特殊情况角度：
- 在某些特殊情况下，如实行不定时工作制或综合计算工时工作制的岗位，可能因工作性质或生产特点而无法按照标准工时制度来安排工作和休息。但即使在这种情况下，如果劳动者在休息日工作且无法安排补休，用人单位仍需按照相关规定支付加班费。不过，具体支付标准可能因地区、行业或岗位的不同而有所差异，需要参照当地的具体规定或政策来执行。
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果用人单位在自由工时制下安排休息日加班且未支付加班费，可以首先与用人单位进行协商，要求支付应得的加班费。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应严格遵守相关法律法规和劳动合同的约定，合理安排劳动者的工作和休息时间，确保劳动者的合法权益得到保障。如果确实需要安排劳动者在休息日加班，应提前与劳动者协商并支付相应的加班费，以避免不必要的法律纠纷。
可能法律后果：
- 如果用人单位未按照法律法规或劳动合同的约定支付加班费，可能面临劳动监察部门的处罚或劳动者的法律诉讼，这不仅会影响用人单位的声誉和形象，还可能给用人单位带来不必要的经济损失。因此，建议用人单位务必重视加班费的支付问题，确保合规经营。
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