结论：在约定第三方结算后支付工程款的情形下，一般不能直接起诉要求进行鉴定，但存在例外情况。以下为你详细分析：
常规情况：不能直接起诉鉴定
从合同约定和一般法律程序的角度来看，当合同中明确约定了由第三方进行结算后支付工程款时，这属于双方对工程款支付条件和方式的特定约定。在这种情况下，通常需要先按照合同约定，由第三方完成结算工作。因为合同是双方意思自治的体现，双方应当遵循合同约定的程序和步骤来处理工程款相关事宜。如果绕过第三方结算这一环节，直接起诉要求进行鉴定，这违背了合同的基本原则和约定顺序，法院一般不会支持这种直接鉴定的请求。
例如，甲乙双方签订了一份建设工程合同，合同中明确约定由丙方（第三方造价咨询机构）对工程进行结算，结算完成后甲方向乙方支付工程款。在工程完工后，乙方不能未经丙方结算，就直接向法院起诉要求对工程款进行鉴定并要求甲方支付款项。
例外情况：可以起诉鉴定
- 第三方不履行结算义务：如果第三方无正当理由拒绝进行结算，或者长期拖延结算，导致工程款的支付无法按照合同约定进行，严重影响了乙方的合法权益。此时，乙方为了维护自己的利益，可以向法院起诉，并在诉讼中申请对工程款进行鉴定。法院会根据具体情况，判断是否准许鉴定申请。
- 法律依据：根据《民法典》相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。第三方不履行结算义务，可视为对相关合同条款的违反，乙方有权寻求法律救济。
- 实际操作：乙方需要收集能够证明第三方拒绝或拖延结算的证据，如书面通知、沟通记录等，向法院说明情况，申请鉴定以确定工程款的具体数额。
- 第三方结算结果明显不合理：若第三方完成了结算，但结算结果存在明显的不合理之处，例如计算错误、遗漏重要项目等，且这种不合理情况严重损害了一方的利益。在这种情况下，受到损害的一方可以向法院起诉，并在诉讼中申请对工程款重新进行鉴定。
- 法律依据：公平原则是民法的基本原则之一，当第三方结算结果违背公平原则，导致双方权利义务严重失衡时，法院可以根据当事人的申请，对工程款进行重新鉴定，以保障交易的公平性和当事人的合法权益。
- 实际操作：受损方需要提供证据证明第三方结算结果存在明显不合理之处，如专业的分析报告、对比数据等，向法院提出重新鉴定的申请。
法律建议
- 保留证据：在整个过程中，要注意保留与工程相关的各种证据，如合同、施工记录、验收报告、与第三方的沟通记录等。这些证据在后续可能发生的诉讼中，对于证明自己的主张、申请鉴定以及确定工程款数额等都起着至关重要的作用。
- 及时沟通协商：当出现第三方不结算或结算结果不合理等情况时，先尝试与对方进行沟通和协商，寻求通过友好方式解决问题。这样可以节省时间和成本，避免不必要的诉讼纠纷。
- 咨询专业律师：如果对相关法律问题存在疑问，或者在处理过程中遇到困难，建议及时向我咨询。我可以根据具体情况，为你提供专业的法律意见和解决方案，帮助你更好地维护自己的合法权益。
如果你在建设工程（工程款纠纷）、合同纠纷方面还有其他问题，欢迎直接向我咨询。