双方合同有约定条款的情况下，仍可以向法院申请工程造价鉴定，但能否获得准许需视具体约定内容及案件情况而定。具体分析如下：

1. 合同未明确排除鉴定申请权
   若合同仅约定了工程造价的计价方式（如固定总价、定额计价等），但未明确排除“一方在争议时申请司法鉴定”的权利，则任何一方均有权在诉讼中向法院提出鉴定申请。法院将根据《民事诉讼法》第七十六条及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十八条，结合争议焦点、举证责任分配等因素，决定是否启动鉴定程序。

2. 合同明确约定排除鉴定条款
   若合同中存在类似“双方确认工程造价以本合同约定为准，任何一方不得申请司法鉴定”的条款，则需进一步审查该条款的效力：

   • 有效情形：若条款系双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定（如未损害第三方利益、未显失公平），则法院可能依据《民法典》第一百四十三条认定条款有效，驳回鉴定申请。
     
   • 无效情形：若条款存在重大误解、欺诈、胁迫或显失公平（如固定总价显著低于成本价），则受损害方可依据《民法典》第一百四十七条至第一百五十一条主张撤销条款，并申请鉴定。此外，若合同因违法被认定无效（如未取得建设工程规划许可证），则排除鉴定条款亦无效，法院可依职权启动鉴定。

3. 合同约定与实际履行不符
   即使合同约定了计价方式，但若存在设计变更、工程量增减、材料价格波动等情形，导致实际造价与合同约定严重偏离，一方可主张按实际履行情况调整造价，并申请鉴定。此时，法院可能突破合同约定，以鉴定结论作为裁判依据。

实务建议：

• 申请鉴定时，需提交初步证据证明争议事实与工程造价的关联性（如签证单、变更通知、价格波动证明等）；
  
• 若合同存在排除鉴定条款，需同步提出条款无效或可撤销的抗辩，并准备相关证据；
  
• 鉴定范围应严格限定于争议部分，避免扩大鉴定成本。
  

如有具体合同条款或案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。