结论：在第三笔工程款约定由承包人申请结算后支付，但承包人未提交结算的情况下，一般不能直接要求支付工程款，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：
一般情况：不能直接要求支付工程款
从合同约定的角度来看，双方已经明确约定了第三笔工程款的支付条件，即承包人需要先申请结算。这一约定是双方真实意思的表示，对双方均具有法律约束力。在承包人未履行其申请结算的义务时，支付工程款的条件尚未成就，发包人有权拒绝支付。
法律依据：虽然直接针对此情形的具体法条可能并不明确，但根据《民法典》中关于合同履行和附条件合同的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。附条件的合同，自条件成就时生效。在此情况下，承包人申请结算即为支付工程款的附条件，条件未成就，支付义务未触发。
例外情形：可能要求支付工程款
发包人原因导致无法结算：
- 如果因为发包人的原因，如提供资料不全、故意拖延等，导致承包人无法提交结算申请，那么承包人可以主张发包人承担违约责任，并要求支付工程款。在此情况下，承包人需要提供证据证明发包人存在过错，并导致了结算的无法进行。
合同约定不明或存在歧义：
- 如果合同中关于结算申请的约定存在不明或歧义，导致双方对结算申请的理解产生分歧，那么承包人可以主张按照行业惯例或公平原则来处理，并要求支付工程款。在此情况下，可能需要通过诉讼或仲裁等方式来解决争议。
发包人已经实际使用工程：
- 如果发包人已经实际使用了工程，且未对工程质量提出异议，那么可以视为发包人已经认可了工程的完成情况。在此情况下，承包人可以主张发包人支付工程款，即使未提交结算申请。但这一主张可能需要根据具体情况和合同约定来综合判断。
法律建议
- 承包人：应尽快与发包人沟通，了解无法提交结算申请的具体原因，并尝试解决。如果是因为发包人的原因导致无法结算，应保留好相关证据，以便在后续争议中维护自己的权益。同时，也可以考虑根据合同约定或法律规定，向发包人发出书面通知，要求其履行结算义务或支付工程款。
- 发包人：应积极配合承包人进行结算工作，提供必要的资料和支持。如果因为自身原因导致无法结算，应及时与承包人沟通并寻求解决方案。同时，也应关注合同约定的支付条件是否成就，避免无故拖延支付工程款。
在处理此类纠纷时，建议双方首先通过友好协商来解决争议。如果协商无果，可以考虑通过诉讼或仲裁等方式来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。