结论：工程款司法鉴定第三方收费太高，在一定条件下是可以更换鉴定机构的。以下从不同角度进行分析：
一、更换鉴定机构的法律依据与条件
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人对鉴定意见有异议或者人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。虽然法律并未直接规定收费过高即可更换鉴定机构，但若收费过高且存在不合理之处，可能构成当事人对鉴定意见异议的合理理由之一。
- 实践中，若鉴定机构存在违规收费、收费明显高于市场平均水平且无正当理由等情形，当事人有权向法院提出异议，并请求更换鉴定机构。
更换条件：
- 收费不合理：当事人需证明鉴定机构的收费明显高于市场平均水平或行业标准，且该收费缺乏合理依据。
- 影响公正性：收费过高可能引发对鉴定机构公正性的质疑，尤其是当高额费用可能影响鉴定人的独立性和客观性时。
- 法院认可：最终是否更换鉴定机构需由法院根据案件具体情况和当事人的申请进行审查并作出决定。
二、更换鉴定机构的程序与步骤
提出异议：
- 当事人应在收到鉴定意见后，及时对鉴定机构的收费提出异议，并说明理由。
提交申请：
- 向法院提交书面申请，请求更换鉴定机构，并附上相关证据材料，如市场调查报告、其他鉴定机构的收费标准等。
法院审查：
- 法院将对当事人的申请进行审查，包括收费的合理性、是否影响鉴定公正性等。
作出决定：
- 法院根据审查结果，决定是否更换鉴定机构。若决定更换，将指定新的鉴定机构进行鉴定。
三、注意事项与建议
及时行动：
- 当事人应在发现鉴定机构收费过高后，及时提出异议并申请更换，以免延误诉讼进程。
充分准备证据：
- 当事人应收集并整理相关证据材料，以证明鉴定机构收费的不合理性。
与法院沟通：
- 在申请更换鉴定机构过程中，当事人应积极与法院沟通，说明情况并争取法院的支持。
考虑其他救济途径：
- 若法院未同意更换鉴定机构，当事人还可考虑通过投诉、举报等方式向相关部门反映鉴定机构的违规收费行为。
进一步思考：在实际操作中，更换鉴定机构并非易事，需要当事人充分准备证据并积极与法院沟通。因此，建议当事人在选择鉴定机构时，应谨慎考察其资质、信誉和收费标准，以避免后续产生不必要的纠纷。若您在工程款司法鉴定过程中遇到任何问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。