关于病假一天公司扣除全勤是否合法的问题，结论前置如下：
- 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定，且该规定合法、合理并已向劳动者公示或告知，则公司扣除全勤奖是合法的。
- 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定，则公司扣除全勤奖可能缺乏依据，从公平合理角度出发，通常不扣除全勤奖较为合理。
详细分析如下：
一、公司规章制度或劳动合同有明确规定的情况
- 规章制度合法性：公司规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并已向劳动者公示或告知。若规章制度中明确规定请病假一天即扣除全勤奖，且该制度合法有效，则公司扣除全勤奖的行为是合法的。
- 劳动合同约定：若劳动合同中明确约定了请病假会扣除全勤奖，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则公司也有权扣除全勤奖。
举例说明：如公司《员工手册》中明确规定“员工当月请任何类型假期（包括病假）均不享受全勤奖”，且该手册经过民主程序制定并公示，则员工请一天病假时，公司扣除全勤奖通常是合理的。
二、公司规章制度或劳动合同无明确规定的情况
- 全勤奖本质：全勤奖是为了鼓励劳动者全勤上班而设立的奖励。病假期间劳动者未正常出勤，从这个角度讲，公司扣除全勤奖有一定的合理性。
- 病假权利：然而，病假是劳动者因身体原因依法享有的休假权利，公司不应因劳动者合理休病假而剥夺其获得全勤奖的机会。
- 争议处理：若双方因此产生争议，劳动仲裁机构或法院会根据具体案件情况，综合考虑公司的用工管理自主权、劳动者的合法权益等因素来作出裁决。例如，考虑劳动者休病假的时长、病情严重程度等，对于短时间的、轻微的病假，可能会倾向于不支持公司扣除全勤奖；而对于长时间的、严重影响正常出勤的病假，可能会支持公司扣除全勤奖的做法。
三、实际操作建议
- 查阅规章制度：劳动者应首先查阅所在单位的规章制度或劳动合同，了解关于病假和全勤奖的具体规定。
- 沟通协商：若规章制度或劳动合同中有明确规定，但劳动者认为规定不合理或不合法，应与公司进行沟通协商，争取公平合理的处理结果。
- 保留证据：在处理过程中，劳动者应保留好相关证据，如病假证明、规章制度、劳动合同等，以备不时之需。
- 法律途径：若沟通无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结与提醒：病假是否扣除全勤奖需根据公司的规章制度或劳动合同中的具体规定来确定。在规章制度和合同有明确规定的情况下，公司有权扣除全勤奖；在无相关规定时，则需综合考量多种因素来作出裁决。劳动者应了解自己的权益和义务，并在必要时采取适当的措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。