公司病假工资全扣一般是不合法的，但具体是否合法需根据实际情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
符合法定最低标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应支付病假工资或疾病救济费，该费用可以低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。
- 举例：若当地最低工资标准为2000元/月，则病假工资至少应为1600元/月。若公司支付的病假工资等于或高于这个数额，且没有其他违法情形，则扣减行为（实际上可能是未全额支付，但满足了最低标准）在法律上不被视为完全“全扣”，且可能是合法的。但严格来说，“全扣”若指完全不支付，则此情形下不合法；若指未支付全额但满足了最低标准，则需结合其他因素判断。不过，从用户提问的“全扣”字面意思理解，我们主要讨论完全不支付或低于最低标准80%的情况是否合法，此点主要用于说明法定最低标准。
劳动合同或集体合同有明确约定：
- 如果劳动合同或集体合同中明确约定了病假期间的工资支付方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不低于最低工资标准的80%），则公司按照合同约定执行是合法的。
- 举例：合同中约定病假期间支付基本工资的80%，且该基本工资本身不低于最低工资标准，则公司按此执行合法。
企业内部规章制度合法且公示：
- 若公司依法制定的规章制度中明确规定了请病假的工资支付标准，且该标准不低于最低工资标准的80%，同时规章制度的制定经过了民主程序（如职工代表大会讨论）并向劳动者公示，则公司按照规章制度执行也是合法的。
不合法情形
完全不支付病假工资：
- 如果公司在员工病假期间完全不支付任何工资，这种行为显然是不合法的，因为它违反了法律法规中关于病假工资支付的规定。
支付的病假工资低于法定最低标准：
- 若公司支付的病假工资低于当地最低工资标准的80%，则这种行为也是不合法的。
- 举例：若当地最低工资标准为2000元/月，公司支付的病假工资仅为1000元/月，则低于法定最低标准，不合法。
规章制度未公示或未经过民主程序：
- 如果公司没有相关规章制度，或者规章制度的制定未经过民主程序且未向劳动者公示，就随意扣发病假工资，这也是违法的。
违反劳动合同或集体合同约定：
- 如果公司违反劳动合同或集体合同中关于病假工资的明确约定，扣减病假工资，则同样是不合法的。
应对措施
- 与用人单位协商：首先，劳动者可以尝试与用人单位进行沟通协商，要求其按照规定支付病假工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，请求介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：如劳动监察部门未能解决问题，劳动者可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 提起诉讼：对仲裁裁决不服的，劳动者还可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结来说，公司病假工资全扣（若指完全不支付或低于最低标准80%）一般是不合法的。劳动者在遇到此类问题时，应首先了解自己的权益和用人单位的规章制度、劳动合同约定，然后积极采取措施保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。