关于公司员工病假扣除全勤是否合法的问题，结论前置如下：
- 若公司规章制度明确且合法，规定病假扣除全勤，则合法。
- 若公司规章制度未明确规定，或规定不合理、不合法，则扣除全勤可能不合法。
详细分析如下：
一、公司规章制度明确且合法的情况
规章制度的内容：
- 如果公司的规章制度或员工手册中明确规定了全勤奖的评定条件，包括员工在一个考勤周期内无任何缺勤、迟到、早退、请假等情况，且明确将病假列为不享受全勤奖的情形之一，那么该规定具有法律效力。
规章制度的制定程序：
- 规章制度的制定需经过民主程序，如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并已向劳动者公示或告知。这是确保规章制度合法性的重要步骤。
实际案例：
- 例如，某公司规定“当月无迟到、早退、旷工、请假记录者，可获得全勤奖”，员工请病假后公司依据该规定扣发全勤奖，此行为在法律上通常被认可。
二、公司规章制度未明确规定或规定不合理、不合法的情况
规章制度未明确规定：
- 如果公司没有在规章制度中明确全勤奖的评定标准和扣发条件，或者在劳动合同中也未对全勤奖作出相关约定，那么公司随意以员工请病假为由扣发全勤奖是缺乏依据的，属于不合法行为。
规章制度不合理或不合法：
- 如果规章制度排除了劳动者的合法权益，如规定即使员工因患重大疾病按规定请病假也会扣除全勤奖，这种规定可能被认定为不合理地限制了劳动者依法享受病假的权利，属于无效规定。
- 规章制度的内容与法律法规相冲突，如违反了《劳动法》等相关法律的规定，也是无效的。
三、员工权益保护与建议
了解公司规章制度：
- 员工应主动查阅公司的员工手册或相关规章制度，了解全勤奖的具体设置及发放条件，以避免不必要的误解和纠纷。
沟通协商：
- 如果员工认为公司扣除全勤奖的行为不合理或不合法，应首先与公司进行沟通协商，了解具体扣除原因及依据，并尝试达成共识。
法律途径维权：
- 若沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应保留好相关证据，如病假证明、规章制度、劳动合同等。
总结与建议：
病假是否扣除全勤奖，关键在于公司规章制度的明确性、合理性和合法性。员工应了解自己的权益和义务，并在必要时采取适当的措施来维护自己的合法权益。同时，公司也应制定合理且合法的规章制度，并确保员工知晓，以避免不必要的纠纷。如果您在病假扣除全勤方面遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。