结论：超过法定工作时间，劳动者确实有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
法律依据与权益保护
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，国家严格实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度（部分行业或岗位有特殊规定的除外）。用人单位因生产经营需要延长工作时间的，必须与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊原因下，也需在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间，但每日不得超过三小时，每月累计不得超过三十六小时。若用人单位违反这些规定，劳动者不仅有权申请劳动仲裁，还应获得相应的加班费补偿。具体标准如下：
- 延长工作时间：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日工作且无补休：支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日工作：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
申请仲裁的具体流程
确认仲裁管辖地：
- 劳动争议由劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。如双方分别向不同地点的仲裁委员会申请仲裁，则由劳动合同履行地的仲裁委员会管辖。
准备仲裁材料：
- 仲裁申请书：详细陈述仲裁请求、事实和理由，包括超时工作的具体时间段和时长等。
- 证据材料：这是关键部分，应提供能证明超时工作事实的证据，如考勤记录（打卡记录、电子考勤截图）、加班通知、工作记录、同事证言以及工资单等。
- 身份证明：提供本人身份证复印件以证明身份。
- 用人单位信息：提供营业执照副本复印件或企业信用信息查询结果，明确被申请人的主体资格。
提交仲裁申请：
- 将准备好的仲裁材料提交至有管辖权的劳动争议仲裁委员会。委员会在收到申请后五日内会作出是否受理的决定。
参加仲裁庭审：
- 若仲裁申请被受理，仲裁委员会将安排开庭时间并通知双方当事人。在庭审中，劳动者需陈述主张并提供证据支持，用人单位也会进行答辩和举证。仲裁庭将依据双方陈述和证据进行审理，并作出裁决。
注意事项
- 仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应及时申请仲裁以避免超过时效。
- 证据收集：在申请仲裁前，劳动者应尽可能收集充分的证据来证明加班事实以及用人单位未支付加班费的情况。证据越充分，仲裁成功的可能性就越大。
- 法律咨询：在申请仲裁过程中，如果劳动者对法律程序或证据收集有疑问，可以直接向我咨询，我会提供具体的法律建议和帮助。
可能的仲裁结果
- 支付加班费：若诉求合理且证据充分，仲裁委员会可能裁决用人单位按上述标准支付加班费。
- 调整工作时间：仲裁委员会还可能要求用人单位调整工作时间，以确保符合法律规定。
综上所述，超过法定工作时间是违反劳动法的行为，劳动者有权通过申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请仲裁时，应准备好相关证据材料并按照规定的流程进行操作。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。