结论前置：劳动合同中约定工作时间为9小时，其合法性需根据具体情况判断。在标准工时制度下，超出8小时的部分一般视为延长工作时间，应支付加班工资；但在特定条件下，如综合计算工时工作制或不定时工作制且经过审批，9小时的工作安排可能是合法的。
一、工时制度分析
标准工时制度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过40小时的工时制度。因此，在标准工时制度下，劳动合同中约定9小时工作属于延长工作时间。
- 用人单位应按照法律规定支付劳动者延长工作时间的工资报酬，一般情况下，应支付不低于工资的150%的工资报酬。例如，若劳动者日工资为200元，则超出8小时的部分，每小时应至少支付30元（200元*150%/8小时≈37.5元，但通常按小时工资的150%直接计算，此处为简化说明）。
综合计算工时工作制：
- 对于因工作性质和生产特点不能实行标准工时制度的企业，可以实行综合计算工时工作制。
- 在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时，但总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
- 实行此工时制度需要经过劳动行政部门审批。若符合条件且经过审批，9小时的日工作安排在计算周期内总工时不超标准的情况下是合法的。
不定时工作制：
- 不定时工作制下，劳动者工作时间没有固定的限制，用人单位无需支付延长工作时间的加班工资。
- 同样需要经过劳动行政部门审批，并适用于特定岗位，如高级管理人员、外勤人员等。
- 若是不定时工作制岗位且经过审批，9小时工作安排不涉及加班工资问题。
二、合同有效性分析
- 如果劳动合同中关于9小时工作时间的约定违反了法律强制性规定（如未支付加班工资且无合法工时制度审批），该条款可能无效或部分无效。
- 如果用人单位通过欺诈、胁迫手段使劳动者签订包含9小时工作时间条款的合同，劳动者有权请求劳动争议仲裁机构或人民法院确认该条款无效。
三、劳动者权益保护建议
与用人单位协商：
- 劳动者首先可以与用人单位友好协商，要求合理调整工作时间或支付相应的加班工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位的劳动用工情况进行监督检查，并责令用人单位改正违法行为。
申请劳动仲裁：
- 劳动者也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付加班工资、调整工作时间等，以维护自己的合法权益。
四、对用人单位的建议
- 严格遵守国家劳动法规：用人单位应合理安排劳动者的工作时间和休息时间，保障劳动者的身心健康和合法权益。
- 加强内部管理：完善规章制度，确保企业的合法合规运营。在实行特殊工时制度时，务必经过劳动行政部门审批，并确保符合相关法律法规的要求。
综上所述，劳动合同中约定9小时工作的合法性需根据具体的工时制度、合同有效性及是否遵守相关法律法规来判断。双方都应充分了解相关法律法规和自身权益，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。