综合工时制下缺勤的计算需结合具体工时安排、审批程序及法律规定综合判断，核心结论如下：

1. 缺勤是否计入“综合计算周期”内的总工时
   综合工时制以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，只要周期内总工时未超过法定标准（如月166.64小时、季500小时、年2000小时），缺勤通常不视为“超时”，但可能影响工资计算。

   • 若缺勤导致周期内实际工时不足：例如季度应出勤500小时，员工缺勤50小时，实际工作450小时，则企业需按实际出勤支付工资，缺勤部分可能按事假、病假等规则扣减（需符合劳动合同或规章制度）。
     
   • 若缺勤但周期内总工时仍超标：例如季度应出勤500小时，员工缺勤30小时但实际工作520小时，则超出的20小时需按150%支付加班费（工作日延长工时），且缺勤部分仍可能扣减工资。
     

2. 缺勤是否需履行审批程序
   根据《劳动合同法》及企业规章制度，员工缺勤（如事假、病假）需提前申请并获批准，否则可能被认定为旷工。

   • 事假：需企业批准，未批准缺勤可能按旷工处理，企业可依据规章制度扣减工资甚至解除合同。
     
   • 病假：需提供医疗证明，企业无权拒绝合法病假申请，但可按比例支付病假工资（如当地最低工资的80%）。
     
   • 旷工：未经批准缺勤且无合理理由，企业可按规章制度扣减工资（如扣发当日工资的200%-300%），严重者可解除合同。
     

3. 缺勤与加班费的抵消规则
   综合工时制下，周期内总工时超标部分需支付加班费，但缺勤不能直接“抵消”超时工时。例如：

   • 员工月应出勤166.64小时，实际工作180小时（超13.36小时），需支付13.36小时的150%加班费；若同时缺勤10小时，企业仍需支付加班费，但可按事假规则扣减缺勤工资。
     

建议：

• 企业应明确综合工时制的计算周期、加班规则及缺勤审批流程，并在劳动合同或规章制度中载明；
  
• 员工需保留缺勤证明（如病假条、事假申请），避免因程序瑕疵被认定为旷工；
  
• 若对缺勤计算或加班费支付有争议，可收集考勤记录、工资条等证据，通过劳动仲裁或诉讼解决。
  

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