综合工时制下，加班费的计算需分情况讨论，核心依据是实际工作时间是否超出法定标准周期总工时，以及是否在休息日或法定节假日工作。具体分析如下：

1. 周期内总工时未超标，但存在单日超时工作
   综合工时制以周、月、季、年为周期计算总工时（如季度总工时500小时）。若周期内总工时未超标，但某日工作超8小时，不视为加班，企业无需支付加班费。例如：某员工季度总工时480小时（未超500小时），但某日工作10小时，企业无需支付该日2小时的加班费。

2. 周期内总工时超标
   若实际总工时超过法定周期标准（如季度超500小时），超出部分按150%工资支付加班费。例如：季度总工时520小时，超出20小时，企业需支付20小时×150%工资的加班费。

3. 休息日工作但周期内总工时未超标
   若在休息日（如周六、周日）工作，但周期内总工时未超标，不视为加班，企业无需支付加班费，但需安排补休（若地方性法规有强制补休要求）。例如：某员工月总工时160小时（未超176小时），其中4个周六各工作8小时，企业无需支付加班费，但可安排补休。

4. 法定节假日工作
   无论周期内总工时是否超标，法定节假日工作均按300%工资支付加班费，且不得以补休替代。例如：员工在国庆节工作8小时，企业需支付8小时×300%工资的加班费。

操作建议：

• 企业需向劳动行政部门申请综合工时制，并明确周期（如季度）；
  
• 保留考勤记录、工资支付凭证等证据，避免纠纷；
  
• 若对加班费计算有争议，可携带劳动合同、考勤记录等材料向我咨询，我会结合地方性法规进一步分析。