结论前置：如果公司不承认病假单，劳动者完全有权向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，以维护自身合法权益。以下从不同角度为你详细分析：
法律依据与可以申请仲裁的情形
公司不批准合理病假
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关法律法规，劳动者在规定的医疗期内享有病假权利，公司应给予一定的病假，并支付相应的病假工资。若劳动者已按照公司规章制度提供了正规医疗机构出具的诊断证明、病假条等材料请求休病假，而公司无正当理由拒绝批准，此行为可能违反了法律规定及劳动合同约定，侵害了劳动者的合法权益。
- 举例：小张因身体不适前往医院就诊，医生根据病情开具了病假单，建议休息一周。小张将病假单提交给公司，但公司以工作繁忙为由拒绝批准。此时，小张就可以依据相关法律法规，向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。
公司因劳动者休病假作出不当处理
- 如公司以劳动者休病假为由解除劳动合同，或克扣、拖欠病假工资等，均属违法行为。依据《中华人民共和国劳动合同法》，公司违法解除劳动合同的，需向劳动者支付赔偿金。根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》，职工在医疗期内，企业应按规定支付病假工资或疾病救济费，且不得低于最低工资标准的80%。
- 举例：小李因生病休了半个月病假，公司不仅未支付病假工资，还以小李不能正常工作为由解除了劳动合同。小李可以收集相关证据，如病假单、工资发放记录、解除劳动合同通知等，向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，要求公司支付病假工资和赔偿金。
此外，《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》明确规定，公司未依法给予劳动者应有的病假待遇，或违反劳动合同、集体合同中关于病假的约定，此类争议属于劳动争议仲裁委员会的受理范围。
申请仲裁的流程与注意事项
准备材料
- 仲裁申请书，明确请求和理由。
- 证明劳动关系的材料（如劳动合同、工资发放记录、工作证等）。
- 医院的诊断证明、病假条。
- 与公司沟通病假事宜的相关记录（如邮件、聊天记录等）。
提交申请
- 向有管辖权的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，通常为劳动合同履行地或公司所在地的仲裁委员会。
仲裁审理
- 仲裁委员会受理后，将安排开庭审理。双方当事人需在庭审中陈述事实、提供证据，并进行辩论。
裁决结果
- 仲裁委员会根据双方提供的证据和庭审情况作出裁决。若劳动者对仲裁结果不服，可在规定时间内向人民法院提起诉讼。
可能的法律后果
- 如果劳动者的仲裁请求得到支持，公司可能需要支付病假工资、赔偿金等费用，并可能面临劳动行政部门的处罚。
- 如果劳动者的仲裁请求未得到支持，劳动者可以进一步了解原因，并在规定时间内向人民法院提起诉讼，寻求更进一步的法律救济。
在面对公司不承认病假单的情况时，劳动者应勇敢拿起法律武器，通过劳动仲裁途径维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。