结论：工资3900元，而缴费基数为8500元，这一情况是否合法，需结合具体情况来判断，不一定不合法。以下从不同角度进行分析：
一、缴费基数与工资的关系
缴费基数的确定原则：
- 缴费基数通常是按照职工上一年度月平均工资来确定的，但也会受到当地社保政策规定的上下限的限制。
- 如果职工的工资低于当地社保政策规定的最低缴费基数，那么应按照最低缴费基数来缴纳社保；如果工资高于最高缴费基数，则按照最高缴费基数来缴纳。
工资与缴费基数不一致的可能情况：
- 公司政策：有些公司可能会为了降低社保缴费负担，而选择按照低于职工实际工资的基数来缴纳社保。但这种做法通常是不合法的，因为违反了社保缴费的公平性原则。
- 职工自愿：在某些情况下，职工可能出于个人考虑（如希望减少个人缴费部分），而自愿选择按照较低的基数缴纳社保。但这种情况需要职工明确表示同意，并且公司需要保留相关证据以备查验。
- 政策调整或特殊规定：在某些地区或特定行业，可能存在特殊的社保缴费政策或规定，导致缴费基数与工资不一致。
二、针对本案例的具体分析
如果公司按照政策规定操作：
- 如果当地社保政策规定的缴费基数范围包含了8500元，且该基数是按照公司政策或职工自愿选择的（在合法范围内），同时职工的实际工资（如3900元部分）也按照相应比例缴纳了社保（尽管可能不是按照8500元的全额），那么这种情况可能是合法的。但需要注意的是，通常社保缴费是基于职工的整体工资水平，而不仅仅是部分工资。
如果公司存在违法行为：
- 如果公司为了降低社保缴费负担，而故意将缴费基数设定为高于职工实际工资（如本案例中的3900元与8500元之差），且没有得到职工的明确同意或违反了当地社保政策的规定，那么这种做法是不合法的。公司可能面临社保部门的处罚，包括补缴社保费用、缴纳滞纳金等。
三、建议与措施
核实社保缴费记录：
- 职工应首先核实自己的社保缴费记录，了解缴费基数和实际缴费情况。
与公司沟通：
- 如果发现缴费基数与工资不一致且存在疑问，职工可以与公司的人力资源部门或财务部门进行沟通，了解具体原因和政策依据。
咨询社保部门：
- 如果沟通无果或怀疑公司存在违法行为，职工可以向当地社保部门咨询并寻求帮助。社保部门将根据相关政策规定进行调查和处理。
法律途径：
- 在必要时，职工还可以通过法律途径来维护自己的合法权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
总结：工资与缴费基数不一致的情况是否合法，需结合具体情况和当地社保政策来判断。如果职工对此存在疑问或怀疑公司存在违法行为，建议及时核实社保缴费记录、与公司沟通、咨询社保部门或寻求法律途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。