结论：学校扣完两个月绩效是否合理，需结合具体情况判断，包括劳动合同或学校规章制度的约定、当地法律法规以及扣发绩效的实质理由等。以下分情况说明：

1. 若劳动合同或学校规章制度明确约定“因病缺勤可扣发绩效”
   若您与学校签订的劳动合同或学校规章制度中明确规定“员工因病住院超过一定天数，学校可扣发对应月份的绩效工资”，且该规定不违反法律法规的强制性规定（如未低于当地最低工资标准、未违反病假工资支付规定等），则学校的做法可能具有合理性。但需注意：

   • 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并公示或告知您，否则可能因程序违法而无效；
     
   • 扣发金额需合理，若扣发后您的实发工资低于当地最低工资标准的80%（病假工资底线），则属于违法。

2. 若劳动合同或规章制度未约定扣发绩效，或约定不明确
   若合同或制度中未提及“因病缺勤扣绩效”，或仅笼统规定“绩效与考勤挂钩”但未明确扣发规则，则学校单方扣发两个月绩效可能缺乏依据。此时：

   • 绩效工资通常与员工的工作成果、贡献挂钩，若您因病未实际工作，学校可依据实际贡献调整绩效，但需提供证据证明您未完成工作任务或未达到绩效标准；
     
   • 若学校无法证明扣发与您的实际工作表现相关，则可能构成克扣工资，您有权要求补发并主张经济补偿。

3. 需特别注意的法定保护情形
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内享有病假工资或疾病救济费（通常不低于最低工资标准的80%），且用人单位不得因此解除劳动合同。若学校以“扣绩效”变相降低医疗期工资，可能违反以下规定：

   • 病假工资不得低于当地最低工资标准的80%；
     
   • 医疗期内，学校应保障您的基本生活需求，扣发绩效可能导致工资低于法定标准，属于违法。

建议行动步骤：

1. 核查合同与制度：仔细阅读劳动合同、学校规章制度中关于绩效、病假的条款，确认是否有扣发规定及程序合法性；
   
2. 计算实发工资：对比扣发后的工资与当地最低工资标准的80%，若低于该标准，学校明显违法；
   
3. 与学校沟通：要求学校出具扣发绩效的书面依据，并说明扣发与您工作表现的具体关联；
   
4. 投诉或仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁主张补发工资及赔偿。

如有进一步细节（如合同条款、扣发金额、当地最低工资标准等），可随时补充说明，我会为您具体分析。