针对您在工地包活，总包以考勤为由称已结清款项的情况，您可按以下步骤处理：

1. 核实考勤记录的真实性与完整性
   首先要求总包提供完整的考勤原始记录（如打卡记录、签到表、工时统计表等），核对记录中的出勤天数、工时是否与实际工作情况一致。若发现考勤记录存在漏记、错记（如实际出勤但未记录、记录工时少于实际工时），或总包拒绝提供原始记录，可要求其书面说明理由，并保留沟通记录（如短信、微信、录音等）。
   法律依据：根据《民法典》第469条，书面形式包括合同书、信件、数据电文等，考勤记录作为结算依据，您有权要求其提供并核对真实性。

2. 检查包工合同或口头协议的结算条款
   若您与总包签订了书面包工合同，需重点查看合同中关于“结算方式”“工时计算标准”“付款条件”等条款。例如：

   • 合同是否约定“按实际出勤工时结算”？
     
   • 是否明确“考勤记录需双方签字确认”？
     
   • 是否约定“总包未提供考勤记录时，以您记录的工时为准”？
     若合同无明确约定，或总包未按约定履行（如未签字确认考勤），您可主张按实际工作情况结算。
     法律依据：根据《民法典》第510条，合同生效后未约定或约定不明的，可协议补充；无法补充的，按合同相关条款或交易习惯确定。

3. 收集其他证据证明实际工作量
   若考勤记录不完整或存在争议，您需补充其他证据证明实际工作情况，例如：

   • 工友证言（可联合其他工人共同作证）；
     
   • 工作记录（如施工日志、任务分配单）；
     
   • 与总包或现场负责人的沟通记录（如微信要求加班、确认工作量的聊天记录）；
     
   • 现场照片或视频（证明您在工地工作的时间、内容）。
     法律依据：根据《民事诉讼法》第66条，证据包括书证、物证、视听资料、电子数据、证人证言等，您需尽可能多收集证据形成完整链条。

4. 与总包协商或通过第三方调解
   若证据充分，可先与总包协商，要求其重新核对考勤并补足款项。若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（若涉及劳动关系）或向建设主管部门（如住建局）反映（若涉及工程款纠纷），申请调解。调解时需提交证据材料，并明确诉求（如补发工资、支付差额等）。

5. 通过法律途径解决争议
   若调解未果，您可向法院起诉总包，要求其支付未结清的款项。起诉时需提交：

   • 起诉状（写明诉求、事实与理由）；
     
   • 证据材料（考勤记录、合同、沟通记录等）；
     
   • 身份证明（身份证复印件）。
     法律依据：根据《民事诉讼法》第122条，起诉需有明确被告、具体诉求和事实理由，您的情况符合起诉条件。

总结建议：

• 优先核对考勤记录，要求总包提供原始依据；
  
• 补充其他证据证明实际工作量，避免仅依赖考勤；
  
• 协商或调解是低成本解决方式，若无效及时起诉；
  
• 过程中注意保留所有沟通记录，避免口头约定无凭证。
  

若您需要进一步分析证据或起草法律文书，可随时向我咨询具体问题。