结论前置：在《保障农民工工资支付条例》的语境下，农民工与用人单位之间原则上应认定为劳动关系，但特定情形下可能存在例外。以下从不同角度详细分析：
条例的立法目的与适用范围
《保障农民工工资支付条例》第二条明确规定：“保障农民工工资支付，适用本条例。本条例所称农民工，是指为用人单位提供劳动的农村居民。”从立法目的看，条例旨在解决农民工工资拖欠问题，而工资支付的前提是劳动者与用人单位存在经济从属关系。因此，条例默认农民工与用人单位之间为劳动关系，用人单位需承担工资支付主体责任。
劳动关系与劳务关系的核心区别
- 劳动关系：劳动者受用人单位管理，从事用人单位安排的工作，双方存在人身依附性和经济从属性（如按月支付工资、缴纳社保等）。
- 劳务关系：双方为平等民事主体，劳动者提供一次性或临时性服务，按约定获取报酬，无管理关系（如个人承包、临时用工等）。
条例中“工资”的概念（第二条）通常指向劳动关系中的劳动报酬，而非劳务报酬。因此，若农民工与用人单位为劳务关系，可能不直接适用条例，但需结合具体情形判断。
例外情形：非劳动关系下的工资支付保障
尽管条例以劳动关系为前提，但实践中存在以下例外：
- 个人承包经营情形：根据条例第三十条，分包单位对所招用农民工的工资支付负直接责任，总承包单位需监督。若分包单位为个人（无用工主体资格），总承包单位需先行清偿工资。此时，农民工与个人承包者可能为劳务关系，但条例通过“用工主体责任”突破了劳动关系限制。
- 临时用工或非全日制用工：若农民工与用人单位为非全日制劳动关系或临时用工关系，仍受条例保护，但工资支付周期可能缩短（如按日或周结算）。
- 工程领域特殊规定：条例第二十八条规定，施工总承包单位需开设农民工工资专用账户，通过专户支付工资。这一规定适用于工程领域所有农民工，无论其与用人单位是劳动关系还是劳务关系（如包工头招用的工人）。
实务建议
- 农民工：若与用人单位未签订劳动合同，可收集工作证、考勤记录、工资条等证据，证明存在事实劳动关系，以更好主张权利。
- 用人单位：需规范用工管理，避免以劳务关系为由逃避工资支付责任，尤其在工程领域需严格落实专户制度。
- 争议解决：若对劳动关系认定有争议，可向劳动争议仲裁机构申请确认劳动关系，再依据条例主张工资。
总结：条例以劳动关系为原则，但通过“用工主体责任”“专户制度”等设计，将部分劳务关系情形纳入保障范围。具体适用需结合用工形式、行业领域及证据情况综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。