未建立食品生产企业留样制度，主要违反了以下法律条款，并可能面临相应的处罚：

1. 《中华人民共和国食品安全法》第五十三条第二款（间接关联）：

   • 虽然该条款直接规定的是食品经营企业应建立食品进货查验记录制度，但留样制度作为食品安全管理的重要环节，其缺失可视为未全面履行食品安全管理责任的一部分。留样制度有助于在食品安全问题出现时进行追溯和检测，是食品进货查验记录制度的有效补充和延伸。不过，更直接相关的规定体现在对生产经营过程控制的要求中。

2. 《中华人民共和国食品安全法》第一百二十六条（直接处罚条款）：

   • 违法情形：食品生产企业、餐饮服务提供者未按规定制定、实施生产经营过程控制要求，包括未建立留样制度。
   • 处罚措施：由县级以上人民政府食品安全监督管理部门责令改正，给予警告；拒不改正的，处五千元以上五万元以下罚款；情节严重的，责令停产停业，直至吊销许可证。

3. 《食品安全国家标准 餐饮服务通用卫生规范》（GB31654-2021）（特定场景适用）：

   • 适用范围：该规范特别对集中用餐单位（如学校食堂、医院食堂等）提出了食品留样的具体要求。
   • 违法后果：若这些单位未按照规范进行食品留样，则其行为将不符合食品安全国家标准，可能面临监管部门的处罚。

4. 《中华人民共和国食品安全法实施条例》第七十条（补充处罚条款）：

   • 适用情形：食品生产经营者的生产经营行为不符合食品安全法或相关国家标准，且该行为未被食品安全法第一百二十五条第一款、第一百二十六条明确列举时，可依照此条款进行处罚。
   • 关联分析：未建立留样制度若被视为不符合食品安全法或相关国家标准的行为，且未被前述条款明确列举，则可能依据此条款受到处罚。不过，在实际操作中，更倾向于直接适用《食品安全法》第一百二十六条。

法律建议与后果分析：

• 法律建议：

  • 食品生产企业应严格遵守《食品安全法》及相关实施条例和国家标准的规定，建立并执行食品留样制度。
  • 留样制度应涵盖所有需留样的食品品种，确保留样量充足、留样容器清洁消毒、留样标识与记录完整。
  • 定期对留样样品进行检查和管理，确保样品保存完好无变质。

• 可能后果：

  • 若未建立留样制度，食品生产企业可能面临监管部门的责令改正、警告、罚款等处罚。
  • 在情节严重的情况下，还可能被责令停产停业或吊销许可证，对企业的正常运营造成严重影响。
  • 此外，未建立留样制度还可能影响企业在食品安全事件中的责任认定和溯源调查，增加企业的法律风险和声誉损失。

总结： 未建立食品生产企业留样制度严重违反了《食品安全法》及相关法律法规和国家标准的规定。食品生产企业应充分认识到食品留样的重要性，严格遵守相关法律法规和国家标准的要求，确保食品的安全和质量。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。