针对您提出的“公司任命的部门副职，上级集团公司不通过怎么办”这一问题，我的结论是：这主要取决于公司章程、内部管理制度以及上级集团公司与本公司之间的管理关系。以下是从不同角度的详细分析：

1. 公司章程与内部管理制度的审查：

   • 首先，需要仔细审查公司章程以及内部管理制度中关于人事任免的相关规定。这些规定通常会明确任免程序、权限以及上级集团公司对本公司人事任免的干预程度。
   • 如果公司章程或内部管理制度中明确规定了上级集团公司对部门副职任免的审批权或否决权，那么上级集团公司的不通过决定就是有效的，公司需要遵循这一决定，并可能需要重新考虑人选或进行进一步的沟通协商。
   • 如果公司章程或内部管理制度中没有明确规定上级集团公司对部门副职任免的审批权或否决权，那么公司可以依据内部管理程序进行任免，并可能需要与上级集团公司进行沟通，解释任免的合理性和必要性。

2. 上级集团公司与本公司之间的管理关系：

   • 还需要考虑上级集团公司与本公司之间的管理关系。如果上级集团公司是本公司的控股股东或实际控制人，那么它可能对公司的人事任免有较大的影响力。在这种情况下，即使公司章程或内部管理制度中没有明确规定，上级集团公司的不通过决定也可能对公司产生实质性的影响。
   • 如果上级集团公司与本公司之间是相对独立的管理关系，且没有明确的控股或实际控制关系，那么公司可以更加自主地决定部门副职的任免，上级集团公司的不通过决定可能只是建议性的，不具有强制执行力。

3. 沟通与协商：

   • 在面对上级集团公司不通过的情况时，公司应积极与上级集团公司进行沟通与协商。了解上级集团公司不通过的具体原因和顾虑，并尝试通过解释、说明或提供额外信息来消除这些顾虑。
   • 如果沟通与协商无果，公司可以考虑寻求其他解决方案，如调整人选、修改任免程序或寻求法律途径解决争议。

4. 法律途径：

   • 如果公司认为上级集团公司的不通过决定违反了公司章程、内部管理制度或相关法律法规，且沟通与协商无法解决问题，公司可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
   • 这可能包括提起诉讼或申请仲裁等，具体取决于争议的性质和适用的法律法规。

建议：

• 在处理此类问题时，公司应首先确保自己的任免程序符合公司章程和内部管理制度的规定。
• 积极与上级集团公司进行沟通与协商，寻求共识和解决方案。
• 如果必要，寻求专业法律意见以了解自己的权益和可能的法律途径。

最后，每个公司的情况都是独特的，因此在处理此类问题时需要根据具体情况进行具体分析。如果您有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。