核心结论：在领导不知情的情况下，人力资源部门办理了员工离职，这一行为可能涉及违法解除劳动合同、程序违法等问题，具体后果及应对措施需分情况讨论。

1. 若员工同意离职且手续完备：

   • 情况分析：尽管领导不知情，但如果员工本人已经同意离职，并且离职手续（如离职申请、离职交接单等）已经完备，且符合公司内部的离职流程（尽管领导未直接参与审批），那么从法律角度讲，这一离职行为可能是有效的。但领导不知情可能反映出公司内部管理存在漏洞或沟通不畅。
   • 建议措施：公司应加强内部管理，确保离职流程透明且符合规定，同时加强部门间的沟通，避免类似情况再次发生。对于员工而言，应确认自己的离职意愿是否真实，并确保所有离职手续已妥善办理。

2. 若员工不同意离职或手续不完备：

   • 情况分析：如果员工并未同意离职，或者离职手续不完备（如未签署离职协议、未办理工作交接等），而人力资源部门却擅自办理了离职手续，这可能构成违法解除劳动合同。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位违法解除劳动合同的，应当向劳动者支付赔偿金。
   • 建议措施：
     • 对于员工：应立即与人力资源部门沟通，要求恢复劳动关系或要求支付赔偿金。如果沟通无果，可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。
     • 对于公司：应立即停止这一违法行为，与员工协商解决争议。如果确实需要解除劳动合同，应按照法定程序进行，确保员工的合法权益不受侵害。同时，公司应加强内部管理，防止类似事件再次发生。

3. 程序违法问题：

   • 情况分析：即使员工同意离职，但如果人力资源部门在办理离职手续时未遵循公司内部的法定程序（如未经领导审批、未通知相关部门等），这也可能构成程序违法。程序违法可能导致离职手续无效，或者给公司带来管理上的风险。
   • 建议措施：公司应完善离职流程，确保所有步骤都符合法律规定和公司内部规定。同时，加强对人力资源部门的培训和管理，提高其法律意识和合规意识。

额外提醒：在处理此类问题时，公司应注重证据的收集和保存，如离职申请、离职交接单、沟通记录等，以便在发生争议时能够提供有力的证据支持自己的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。