结论：二审法院在补正质证后驳回上诉，这一做法在符合法定程序和证据规则的前提下是合法的。但具体是否合法，还需结合一审法院调取证据的具体情况、二审法院补正质证的方式及内容等因素综合判断。
分析说明：
一审法院依职权调取证据未经质证的问题：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院依职权调取的证据，原则上应当在法庭上出示，并由当事人互相质证。这是确保诉讼公正、保障当事人诉讼权利的重要程序。
- 如果一审法院在调取证据后未组织质证，直接作为判决依据，这确实违反了法定程序，可能构成程序违法。
二审法院补正质证的问题：
- 二审法院在发现一审法院存在程序违法（如未组织质证）时，有权采取补救措施。补正质证是其中一种可能的补救方式，即二审法院组织当事人对一审法院未质证的证据进行质证。
- 补正质证的目的在于纠正一审法院的程序错误，确保当事人的诉讼权利得到充分保障，同时保证案件事实的准确认定。
二审法院驳回上诉的合法性：
- 如果二审法院在补正质证后，认为一审法院的判决在事实认定、法律适用等方面均无错误，或者虽然存在轻微程序瑕疵但不影响判决结果的公正性，那么二审法院有权驳回上诉，维持原判。
- 然而，如果二审法院在补正质证过程中发现一审法院的判决存在重大程序违法或事实认定错误，且这些错误影响了判决结果的公正性，那么二审法院应当依法改判或发回重审。
特殊场景：
- 在某些特殊情况下，如一审法院调取的证据属于众所周知的事实、自然规律及定理、根据法律规定或者已知事实和日常生活经验法则能推定出的另一事实等，这些证据可能无需质证即可直接作为认定案件事实的依据。但这种情况较为罕见，且需严格符合法定条件。
行动建议：
- 对于您所描述的情况，如果二审法院已经组织了补正质证，并且您认为补正质证过程合法、公正，且二审法院的判决在事实认定、法律适用等方面均无错误，那么您可以考虑接受二审法院的判决结果。
- 如果您认为二审法院的补正质证过程存在违法或不当之处，或者二审法院的判决在事实认定、法律适用等方面存在错误，那么您可以考虑通过申请再审等法律途径来维护自己的合法权益。
法律后果：
- 如果二审法院的判决合法有效，那么您需要履行判决所确定的义务。
- 如果您通过申请再审等法律途径成功推翻了二审法院的判决，那么案件将进入新的审理程序，您可能有机会获得更公正的判决结果。