结论：在员工不同意的情况下，直接将其社保关系从异地分公司转回总公司一般是不合法的。

分析说明：

1. 社保关系的转移需遵循员工意愿：

   • 社保关系，特别是养老保险、医疗保险等，与员工的切身利益紧密相关。根据相关法律法规及实践，社保关系的转移通常需要员工的同意或基于员工的申请进行。
   • 未经员工同意，直接将其社保关系从异地分公司转回总公司，可能侵犯了员工的合法权益，如社保待遇的连续性、社保缴费基数的选择等。

2. 公司应与员工协商并达成一致：

   • 在考虑将员工社保关系转回总公司时，公司应首先与员工进行充分沟通，解释转移的原因、影响及可能带来的利弊。
   • 双方应就社保关系的转移达成一致意见，并签订相关协议或确认书，以确保转移的合法性和员工的权益得到保障。

3. 可能的法律后果：

   • 如果公司未经员工同意擅自转移其社保关系，员工有权向当地社保部门投诉或寻求法律援助。
   • 公司可能面临社保部门的处罚，如责令改正、罚款等，同时还需要承担因擅自转移社保关系而给员工造成的损失赔偿责任。

建议与行动：

• 公司层面：在考虑将员工社保关系转回总公司时，应务必与员工进行充分沟通，并取得其同意。如果员工不同意，公司应尊重员工的意愿，并寻找其他合理的解决方案。
• 员工层面：如果公司未经同意擅自转移了您的社保关系，您有权向当地社保部门投诉或寻求法律援助。同时，您也可以与公司进行协商，要求公司恢复您的社保关系或给予相应的补偿。

后续思考：

• 在处理类似问题时，公司应更加注重员工的权益保护，遵循相关法律法规及实践，确保社保关系的转移合法、合规。
• 员工也应增强自身的法律意识，了解自己的社保权益，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会尽我所能为您提供专业的法律支持。