结论概述：在员工因公司不及时发工资而离职，但同时员工也违反了公司纪律的情况下，员工是否能够获得经济补偿金，这取决于多个因素，包括员工违反纪律的性质、严重程度以及公司的规章制度等。下面我将从不同角度详细分析这个问题。
一、公司不及时发工资的法律后果
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，并且用人单位应当向劳动者支付经济补偿。这是法律对劳动者权益的基本保障，旨在防止用人单位无故拖欠工资，损害劳动者的合法权益。
二、员工违反纪律的情况分析
违反纪律的性质与严重程度：
- 如果员工违反的纪律属于轻微违纪，且未对公司造成实质性损害，那么这通常不会成为公司拒绝支付经济补偿金的合理理由。
- 如果员工违反的纪律属于严重违纪，如盗窃、贪污、严重失职等，且对公司造成了重大损失，那么公司可能会依据规章制度或劳动合同中的相关条款，拒绝支付经济补偿金，甚至可能追究员工的法律责任。
公司规章制度与劳动合同：
- 公司应制定明确的规章制度，并告知员工。如果规章制度中明确规定了员工违反某些纪律将导致经济补偿金的丧失，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以依据这些规定拒绝支付经济补偿金。
- 劳动合同中也可能包含关于经济补偿金的支付条件和限制条款。如果员工违反了这些条款，公司同样可以拒绝支付经济补偿金。
三、综合判断与法律建议
综合判断：
- 在员工因公司不及时发工资而离职，但同时员工也违反了公司纪律的情况下，是否支付经济补偿金需要综合考虑多个因素。如果员工违反的纪律轻微且未对公司造成损害，而公司确实存在未及时发工资的行为，那么员工仍有权要求公司支付经济补偿金。
- 如果员工违反的纪律严重且对公司造成了重大损失，或者公司规章制度和劳动合同中明确规定了相关限制条款，那么公司可能会拒绝支付经济补偿金。
法律建议：
- 对于员工而言，如果认为公司未及时发工资且自己并未严重违反公司纪律，可以与公司协商要求支付经济补偿金。如果协商无果，可以向劳动争议调解委员会申请调解或向劳动仲裁委员会申请仲裁。
- 对于公司而言，应确保及时足额支付员工工资，避免因此引发劳动争议。同时，应制定明确的规章制度并告知员工，以便在员工违反纪律时能够依据规定进行处理。
四、特殊情况说明
- 如果员工违反纪律的行为与离职行为无直接关联，且公司未及时发工资是员工离职的主要原因，那么员工仍有权要求公司支付经济补偿金。
- 如果员工违反纪律的行为是公司未及时发工资的直接结果（如员工因工资未发而采取过激行为），那么这种情况可能更为复杂，需要具体分析双方的责任和过错程度。
总结与进一步行动建议：在处理此类问题时，建议双方首先进行友好协商，以寻求和解。如果协商无果，可以寻求法律途径解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。