结论：机关事业单位事假超过20天扣工资是否合法，需根据具体情况判断，包括单位规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规的规定。以下从多个角度进行分析：
一、单位规章制度与劳动合同约定
单位规章制度：
- 机关事业单位通常会有内部的规章制度，这些制度可能规定了事假的请假流程、请假天数限制以及请假期间的工资待遇等。
- 如果单位规章制度中明确规定了事假超过一定天数（如20天）将扣除工资，且该制度已经过合法程序制定并公示，那么单位按照此规定扣除工资可能是合法的。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 如果劳动合同中明确约定了事假期间的工资待遇，包括事假超过一定天数将扣除工资的情况，那么双方应按照合同约定执行。
二、相关法律法规
《中华人民共和国劳动法》：
- 该法规定了劳动者享有休息休假的权利，但并未具体规定事假期间的工资待遇。
- 因此，事假期间的工资待遇通常由单位规章制度或劳动合同约定。
地方性法规或规章：
- 不同地区可能根据当地实际情况制定了关于机关事业单位工作人员请假及工资待遇的地方性法规或规章。
- 这些法规或规章可能对事假期间的工资待遇有具体规定，如事假超过一定天数将扣除部分或全部工资。
三、合法性判断与建议
合法性判断：
- 如果单位规章制度或劳动合同中明确规定了事假超过20天将扣除工资，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么单位扣除工资的行为可能是合法的。
- 如果单位规章制度或劳动合同中没有相关规定，或者规定违反了法律法规的强制性规定，那么单位扣除工资的行为可能是违法的。
建议：
- 对于劳动者：如果认为单位扣除工资的行为违法，可以先与单位协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于用人单位：在制定规章制度或签订劳动合同时，应明确规定事假期间的工资待遇，确保规定合法合规；同时，应加强对规章制度的宣传和培训，确保劳动者了解并遵守相关规定。
四、特殊情况考虑
- 如果劳动者因特殊原因（如家庭突发情况、重大疾病等）需要请长事假，且能够提供相关证明材料，单位应考虑给予一定的理解和支持，避免一刀切地扣除工资。
- 在某些情况下，单位可能根据劳动者的实际工作表现、贡献等因素，对事假期间的工资待遇进行灵活调整。
总结：机关事业单位事假超过20天扣工资是否合法，需根据单位规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规的规定综合判断。如有疑问或争议，建议及时咨询专业律师或相关劳动部门以获取准确解答。