劳动仲裁赔偿金的计算通常不扣除五险一金中个人缴纳的部分，但具体是否扣除以及扣除哪些部分，需根据赔偿金的性质和计算方式来确定。以下从不同角度为你详细分析：
赔偿金性质决定是否扣除
一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金：
- 这些赔偿金是基于工伤事故导致的伤残情况而给予的补偿，其计算通常与工伤职工的工资水平相关，但不直接扣除五险一金个人缴纳部分。
- 例如，一次性伤残补助金的计算依据是工伤职工因工作遭受事故伤害或者患职业病前12个月平均月缴费工资，这里的缴费工资是指单位为职工缴纳工伤保险费的工资基数，并不涉及个人五险一金的扣除。
停工留薪期工资：
- 停工留薪期是指职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期间。在此期间，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 停工留薪期工资的计算通常也不扣除五险一金个人缴纳部分，因为这是职工在停工留薪期内应得的工资报酬，与五险一金的缴纳无直接关系。
经济补偿金（非工伤情形下）：
- 虽然你询问的是工伤赔偿，但为全面起见，也提及一下经济补偿金。在非工伤情形下，如劳动合同解除或终止时，用人单位可能需要向劳动者支付经济补偿金。
- 经济补偿金的计算基数是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，这个平均工资是扣除五险一金个人缴纳部分后的实发工资（但需注意，有些地区可能规定以应发工资为计算基数，具体需根据当地规定确定）。不过，在工伤赔偿中，通常不涉及经济补偿金的计算。
特殊情况说明
- 如果赔偿金计算中涉及“应发工资”：应发工资是指职工在提供正常劳动情况下，用人单位应当支付给职工的工资总额，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，但通常不包括五险一金中个人缴纳的部分（除非当地有特殊规定）。然而，在工伤赔偿中，更常见的是以“缴费工资”或“实发工资”为计算基数，而非应发工资。
- 如果赔偿金是按照实际损失来计算的：如医疗费、护理费等，这些费用的计算与五险一金的缴纳无关，因此不存在扣除的问题。
实际操作建议
- 了解当地规定：不同地区对于工伤赔偿的计算方式和标准可能有所不同，因此建议先了解当地的具体规定。
- 保留相关证据：在申请劳动仲裁时，务必保留好与工伤事故相关的所有证据，如医疗证明、工资单、劳动合同等，以便在仲裁过程中证明自己的主张。
- 咨询专业人士：如果对于赔偿金的计算方式或标准存在疑问，可以向当地劳动保障部门或专业律师咨询，以确保自己的权益得到保障。
总结来说，劳动仲裁赔偿金的计算通常不直接扣除五险一金中个人缴纳的部分，但具体是否扣除以及扣除哪些部分，需根据赔偿金的性质和计算方式来确定。如果你有更具体的赔偿金类型或计算方式疑问，可以直接向我咨询。