申请劳动仲裁后，工资本身并不会因为仲裁行为而被扣除，但仲裁后获得的被拖欠工资在税务处理上确实需要扣税，且应由企业代扣代缴。以下从不同角度为您详细分析：

一、工资本身不会因仲裁被扣

1. 劳动仲裁的目的：劳动仲裁是解决劳动争议的一种方式，其目的在于公正、及时地处理劳动争议，保护当事人的合法权益，促进劳动关系的和谐稳定。因此，仲裁过程本身并不会导致工资被扣除。

2. 工资支付义务：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，无论是否处于仲裁过程中，用人单位都有义务支付劳动者应得的工资。

二、仲裁后获得的被拖欠工资需扣税

1. 一般情况下的扣税：

   • 如果仲裁所涉及的工资属于正常劳动所得，那么在扣除免税项目（如五险一金等个人承担部分）后，月工资收入超过5000元的部分，将按照个人所得税法规定的税率进行纳税。
   • 计算公式：应纳税所得额 = 月工资收入 - 5000元起征点 - 五险一金等个人承担部分；应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
   • 示例：某劳动者月工资为8000元，三险一金个人缴纳部分为1000元，那么其应纳税所得额就是8000元减去5000元的起征点再减去1000元的免税项目，即2000元。接下来，对照个人所得税税率表，可以找到相应的税率和速算扣除数进行计算纳税。

2. 特殊情况下的扣税：

   • 经济补偿部分：若仲裁结果中除了工资，还包含用人单位支付的经济补偿等款项，那么根据相关规定，个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入（包括经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，是免征个人所得税的；超过3倍数额的部分，则不并入当年综合所得，而是单独适用综合所得税率表来计算纳税。
   • 补发工资计税方式：对于补发以往月份的工资，部分地区有特殊规定。一些地方税务机关允许将补发工资分摊回所属月份，与所属月份的工资薪金所得合并计征个人所得税，并重新计算应纳税额，再减去已纳税额，从而得出应补缴税额。然而，由于各地执行口径存在差异，因此在实际操作中应以当地税务机关的规定为准。

三、企业代扣代缴义务

企业执行仲裁程序并按裁决书支付工资时，同时必须履行税务行政法规规定的代扣代缴个人所得税的义务。这是企业必须执行的法规要求，也是确保税收公平和合法性的重要措施。

四、建议与注意事项

1. 保留相关证据：在处理劳动仲裁和工资扣税问题时，务必保留好所有相关证据和记录，如劳动合同、工资条、考勤记录、仲裁裁决书等。这些证据将有助于您在维权过程中证明自己的权益和主张。

2. 了解当地税务规定：由于各地税务机关在补发工资计税方式等方面可能存在差异，因此建议您在处理相关问题时了解当地税务机关的具体规定和要求，以确保自己的权益得到妥善维护。

3. 及时咨询与处理：如果您对劳动仲裁后的工资扣税问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请及时向我咨询。我将根据您的具体情况和当地法律法规为您提供专业的法律建议和帮助。