劳动仲裁补发的工资确实需要扣税，但具体扣税方式需根据不同情况来确定，且应由企业代扣代缴。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的扣税
如果仲裁所涉及的工资属于正常劳动所得，如拖欠的工资、未足额发放的工资等，那么这些收入需要计入个人综合所得，并依法进行个人所得税的计算和缴纳。我国个人所得税实行综合所得按年计征的方式，应纳税所得额以每月收入额减除费用五千元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额为准。若在一个纳税年度内，包括劳动仲裁所获工资在内的综合所得达到或超过年度综合所得的起征点（目前为6万元），就需要依法缴纳个人所得税。
举例说明：
- 假设某劳动者月工资为8000元，三险一金个人缴纳部分为1000元，那么其应纳税所得额就是8000元减去5000元的起征点再减去1000元的免税项目，即2000元。接下来，对照个人所得税税率表，可以找到相应的税率和速算扣除数进行计算纳税。
二、特殊情况下的扣税
- 经济补偿部分：
- 若仲裁结果中除了工资，还包含用人单位支付的经济补偿等款项，那么根据相关规定，个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入（包括经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，是免征个人所得税的；超过3倍数额的部分，则不并入当年综合所得，而是单独适用综合所得税率表来计算纳税。
举例说明：
- 假设某地区上年职工平均工资为50000元，免税标准为150000元（50000元×3）。若员工获得的经济补偿金为120000元，由于未超过免税标准，因此无需缴纳个人所得税；若员工获得的经济补偿金为200000元，超出免税标准的部分为50000元，这部分则需要按照个人所得税税率表计算纳税。
- 补发工资计税方式：
- 对于补发以往月份的工资，部分地区有特殊规定。一些地方税务机关允许将补发工资分摊回所属月份，与所属月份的工资薪金所得合并计征个人所得税，并重新计算应纳税额，再减去已纳税额，从而得出应补缴税额。然而，由于各地执行口径存在差异，因此在实际操作中应以当地税务机关的规定为准。
三、企业代扣代缴义务
企业执行仲裁程序并按裁决书支付工资时，同时必须履行税务行政法规规定的代扣代缴个人所得税的义务。这是企业必须执行的法规要求，也是保障国家税收的重要措施。
四、综合所得计税与税率
劳动仲裁所得如果符合工资、薪资范畴，将被划入“综合所得”范畴进行计税操作。在此基础上，“综合所得”将适用3%至45%的超额累进制税率。具体应扣缴的税费金额取决于全年的综合所得总收入，并在扣除60000元的基本扣除费用及专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除项目之后，剩余部分即为应纳税所得额。
计算公式：
- 应纳税所得额 = 全年综合所得总收入 - 60000元（基本扣除费用） - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除项目
- 应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数
综上所述，劳动仲裁补发的工资确实需要扣税，并且应由企业代扣代缴。在具体操作中，应根据不同情况来确定扣税方式，并遵循当地税务机关的规定。如果你对具体的税务处理有任何疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。