针对邻居在院里种菜施肥产生异味如何收集证据的问题，核心在于通过合法手段固定异味存在、来源及影响的事实，为后续协商或法律途径提供依据。具体可从以下角度收集证据：

1. 直接证据：异味存在的客观记录

   • 气味检测报告：联系环保部门或专业检测机构，对邻居院落及自家周边空气进行采样检测，重点检测氨气、硫化氢等常见肥料异味成分，出具具有法律效力的检测报告。
     
   • 视频/音频记录：在自家院落或公共区域拍摄视频，记录施肥时间、异味扩散情况（如关闭门窗后仍能闻到异味），同步录制现场声音（如邻居施肥时的对话、异味引发的咳嗽等），注意保持拍摄时间连续、场景完整。
     
   • 书面证人证言：邀请同楼层或附近邻居作为证人，出具书面证言说明异味存在的时间、频率及影响（如无法开窗、影响睡眠等），证人需签字并按手印，附上身份证复印件。

2. 间接证据：异味与邻居行为的关联性

   • 施肥时间记录：通过连续观察，记录邻居施肥的具体时间（如每日早晨7点）、频率（如每周3次），结合天气情况（如无风日异味更浓），证明异味与施肥行为的直接关联。
     
   • 物业/社区沟通记录：保存与物业、社区居委会的沟通记录（如微信聊天记录、书面投诉材料），证明已通过正规渠道反映问题，但未得到有效解决。
     
   • 医疗证明（如适用）：若异味导致家人出现呼吸道疾病、过敏等症状，需保留医院诊断证明、病历及医疗费用单据，证明异味对健康的实际损害。

3. 证据收集的合法性注意事项

   • 避免侵犯隐私：拍摄视频时需在自家院落或公共区域，不得进入邻居院落或使用无人机偷拍；录音时需明确告知对方（如“我现在录音记录情况”），否则可能因侵犯隐私导致证据无效。
     
   • 证据保存完整性：所有证据需保留原始载体（如手机录像、检测报告原件），电子证据需通过公证或时间戳服务固定，防止篡改。
     
   • 及时固定证据：异味可能随天气、施肥量变化，需在异味最明显时尽快收集证据，避免因时间推移导致证据效力减弱。

建议行动步骤：

1. 先与邻居友好协商，明确表达异味对生活的影响，保留协商记录（如短信、录音）；
   
2. 若协商无果，向物业、社区居委会投诉，要求介入调解并出具书面处理意见；
   
3. 同时按上述方法收集证据，若异味持续且严重影响生活，可依据《民法典》第288条（相邻权纠纷）向法院起诉，要求邻居停止侵害、排除妨碍。
   

如有进一步疑问或需协助整理证据，可直接向我咨询。