结论：上班请假两次，每次请假一小时扣一百块钱是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了请假扣款的计算方式和标准，并且这一规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行扣款是合法的。但前提是，该规章制度必须经过民主程序制定，且已向员工公示或告知。
   • 若公司规章制度中未明确规定请假扣款的具体标准，或者规定与国家法律法规相冲突，那么公司随意扣款的行为可能不合法。

2. 国家法律法规的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。同时，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 如果公司扣款的行为导致劳动者的工资低于当地最低工资标准，或者扣款金额超过了劳动者当月工资的20%（且剩余工资不低于当地最低工资标准），那么这种扣款行为可能不合法。具体来说，若劳动者月工资为X元，公司每次扣款100元，两次共扣款200元，若200元超过了X的20%，且X减去200元后低于当地最低工资标准，则扣款行为违法。

3. 实际操作的角度：

   • 即使公司规章制度中有请假扣款的规定，但扣款金额应当合理，不能过分高于劳动者因请假给公司造成的实际损失。如果扣款金额明显不合理，劳动者有权向公司提出异议，并要求公司进行合理解释或调整。
   • 劳动者在遇到公司不合理扣款时，可以先与公司进行协商，寻求解决方案。如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。

建议：

• 劳动者在请假前，最好先了解公司的规章制度中关于请假扣款的规定，确保自己的权益不受侵害。
• 如果公司扣款行为不合法或不合理，劳动者应当及时与公司沟通，并保留好相关证据（如请假条、工资条等），以便在需要时维护自己的合法权益。
• 若对公司的扣款行为有疑问或不满，劳动者可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。