结论：厂里给员工放假但多上了12天班后发工资却扣勤4百多，这一做法是否合理，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、从劳动合同和规章制度的角度
劳动合同约定：
- 首先，应查看劳动合同中是否有关于加班、调休、工资支付等方面的具体约定。如果劳动合同中明确规定了加班工资的计算方式和支付标准，那么厂里应当按照合同约定来执行。
- 如果劳动合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么就需要参考相关的法律法规和厂里的规章制度。
规章制度规定：
- 厂里通常会有自己的规章制度，其中可能包括关于加班、调休、考勤管理等方面的规定。如果规章制度中明确规定了加班工资的扣除方式或考勤管理的具体办法，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么厂里在执行时是有一定依据的。
- 但需要注意的是，规章制度必须经过民主程序制定，并且已经向员工公示或告知，否则可能对员工不产生约束力。
二、从法律法规的角度
加班工资支付：
- 根据《劳动法》和《工资支付暂行规定》等相关法律法规，员工在法定节假日、休息日以及工作日延长工作时间的情况下，有权获得相应的加班工资。
- 如果员工多上了12天班属于加班性质，那么厂里应当按照法律法规的规定支付加班工资，而不是扣除考勤。
考勤管理：
- 考勤管理是厂里对员工出勤情况进行记录和管理的一种方式。但考勤管理应当合法、合理，不能侵犯员工的合法权益。
- 如果厂里以扣除考勤的方式作为对员工加班的“补偿”或“惩罚”，这种做法可能违反了法律法规的规定，因为加班工资是员工的合法劳动报酬，不能被随意扣除。
三、具体分析和建议
核实加班性质：
- 首先，需要核实这12天班是否属于加班性质。如果是法定节假日、休息日或工作日延长工作时间，那么员工有权获得加班工资。
查看工资条和考勤记录：
- 员工应仔细查看工资条和考勤记录，确认厂里是否按照法律法规和合同约定支付了加班工资，以及考勤记录是否准确无误。
与厂里协商或投诉：
- 如果员工认为厂里的做法不合理或违法，可以先与厂里进行协商，要求厂里按照法律法规和合同约定支付加班工资或纠正考勤管理中的不当做法。
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
举例说明：假设员工小李在法定节假日多上了3天班，按照法律法规的规定，他应当获得3倍的日工资作为加班工资。如果厂里没有支付这笔加班工资，而是扣除了小李的考勤4百多（假设这4百多相当于小李3天的日工资），那么这种做法显然是不合理的，因为小李有权获得加班工资而不是被扣除考勤。
最后建议：如果你遇到了类似的情况，建议先仔细查看劳动合同和规章制度中的相关规定，然后核实加班性质和工资支付情况。如果认为厂里的做法不合理或违法，可以及时与厂里协商或向相关部门投诉。如果你需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问。