结论：签订劳动合同中约定“由于自身疾病猝死公司不赔偿”的条款，一般是不合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律背景与条款合法性分析
劳动合同法的保护原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的订立应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。劳动合同中的条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
工伤认定与赔偿：
- 工伤认定通常遵循“无过错责任原则”，即只要劳动者在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害，或者符合其他工伤认定的情形，就应当认定为工伤，并享受相应的工伤保险待遇。
- 自身疾病猝死是否属于工伤，需根据具体情况判断。如果猝死与工作有直接关联，如因工作过度劳累、工作压力过大等导致，可能被认定为工伤。此时，公司应承担相应的赔偿责任。
免责条款的效力：
- 劳动合同中约定的“由于自身疾病猝死公司不赔偿”的条款，属于免责条款。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，免责条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得免除造成对方人身伤害的赔偿责任。
- 因此，该条款因违反法律强制性规定而无效，公司不能据此免除其应承担的赔偿责任。
二、实际操作与建议
审查劳动合同条款：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于工伤赔偿、免责条款等内容。如发现不合法或显失公平的条款，应及时提出异议并要求修改。
保留证据与维权：
- 如发生工伤事故或猝死情况，劳动者或其家属应保留相关证据，如医疗记录、工作记录、证人证言等，以便在后续维权过程中提供有力支持。
- 可向当地劳动保障行政部门申请工伤认定，并根据认定结果要求公司承担相应的赔偿责任。
法律途径解决：
- 如与公司就工伤赔偿问题无法达成一致，劳动者或其家属可通过法律途径解决纠纷，如申请劳动仲裁或提起民事诉讼等。
三、特殊情况说明
- 如果劳动者猝死确实与工作无关，且不属于工伤认定范围，那么公司可能不承担工伤赔偿责任。但即便如此，公司也不能通过劳动合同中的免责条款来完全免除其可能承担的其他责任，如基于人道主义关怀的补偿等。不过，这种情况下的具体责任承担需根据法律法规和实际情况进行综合判断。
总结与建议：签订劳动合同中约定“由于自身疾病猝死公司不赔偿”的条款是不合法的。劳动者在签订劳动合同时应仔细审查合同条款，确保自身权益不受侵害。如发生工伤事故或猝死情况，应及时保留证据并通过法律途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。