如果员工在工资少发的情况下签署了相关协议，其法律后果主要取决于协议的具体内容以及签署时的情况，以下是几种可能的情况分析：
协议内容合法且员工自愿签署：
- 如果协议内容明确指出了工资少发的具体原因（如因员工个人原因造成的损失需从工资中扣除等），且该原因符合法律法规的规定，同时员工是在完全自愿、没有受到任何胁迫或欺诈的情况下签署的，那么这份协议通常是具有法律效力的。
- 在这种情况下，员工需要按照协议的约定接受工资少发的事实，如果后续反悔或提出异议，可能会面临法律上的不利后果。
协议内容违法或员工非自愿签署：
- 如果协议内容违反了法律法规的强制性规定（如低于最低工资标准、非法扣除工资等），或者员工是在受到胁迫、欺诈等非自愿情况下签署的，那么这份协议是无效的。
- 员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位按照法律法规的规定支付足额的工资，并可能获得相应的赔偿。
协议内容模糊或存在歧义：
- 如果协议内容表述模糊，或者存在多种解释的可能，那么在实际操作中可能会引发争议。
- 在这种情况下，员工可以与用人单位进行协商，尝试达成一致意见。如果协商无果，员工同样可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，由相关部门根据法律法规和实际情况进行裁决。
法律建议：
- 在签署任何协议前，务必仔细阅读协议内容：确保自己完全理解协议中的每一项条款，特别是关于工资支付的部分。如果有任何疑问或不确定的地方，一定要向用人单位提出并寻求解答。
- 保留相关证据：如果认为自己的工资被少发，或者签署协议时受到了不公正的待遇，务必保留好相关证据（如工资条、银行转账记录、协议文本等），以便在后续维权时使用。
- 及时寻求法律帮助：如果与用人单位无法就工资问题达成一致意见，或者认为自己的权益受到了侵害，不要犹豫，及时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。在这个过程中，如果有需要，也可以向我这样的专业律师咨询，我会根据你的具体情况提供有针对性的法律建议。
可能面临的法律后果：
- 如果协议有效且员工违反协议约定，可能会面临用人单位的追责或法律诉讼。
- 如果协议无效或存在争议，员工有权要求用人单位支付足额的工资，并可能获得相应的赔偿。同时，用人单位也可能面临劳动监察部门的处罚或法律诉讼。