可以起诉，但能否胜诉需结合具体情况判断。公司只发底薪是否构成违法，需从以下几个角度分析：
劳动合同或规章制度是否明确约定工资结构
若劳动合同中明确约定工资由“底薪+绩效/提成/奖金”等部分组成，且公司无正当理由扣发绩效、提成等部分，则属于未足额支付劳动报酬，劳动者有权依据《劳动合同法》第三十八条以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，并主张经济补偿金（工作满1年支付1个月工资）。
法律依据：《劳动合同法》第三十条、第三十八条、第四十六条。
公司扣发工资是否有合法依据
若公司能证明扣发部分符合以下情形，则可能不构成违法：
- 劳动者未完成约定业绩目标，且公司规章制度或劳动合同中明确约定了绩效工资的发放条件；
- 劳动者存在严重违纪行为（如旷工、泄露商业秘密等），公司依据规章制度扣发工资；
- 公司因经营困难需延期支付工资，且已向劳动者说明情况并经工会或职工代表同意（需符合《工资支付暂行规定》第十七条）。
例外情形：即使公司经营困难，延期支付工资也不得超过30日，否则仍可能被认定为违法。
劳动者需收集的关键证据
若决定起诉，需准备以下证据证明公司违法：
- 劳动合同（证明工资结构约定）；
- 工资条、银行流水（证明实际发放金额与约定不符）；
- 绩效考核表、销售提成记录等（证明公司无正当理由扣发）；
- 沟通记录（如邮件、微信等，证明曾向公司主张权利）。
提示：若公司未提供工资条，劳动者可依据《工资支付暂行规定》第六条要求公司出具。
维权途径建议
- 协商：先与公司沟通，要求补发工资并说明理由；
- 投诉：向当地劳动监察大队举报（处理周期较短）；
- 仲裁/诉讼：若协商、投诉无果，可申请劳动仲裁（免费），对仲裁结果不服的再向法院起诉。
注意：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
总结：公司仅发底薪是否违法需结合合同约定、扣发原因及证据综合判断。若公司无正当理由扣发，劳动者可通过法律途径维权，建议优先收集证据并咨询专业律师制定具体方案。如有进一步疑问，可直接向我提问。