结论：在合同或其他民事法律关系中，约定由甲方住所地法院管辖通常是有效的，但前提是该约定不违反《中华人民共和国民事诉讼法》中关于级别管辖和专属管辖的规定，并且是双方真实意思的表示。
一、法律效力分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”这一条款为当事人协议选择管辖法院提供了明确的法律依据。
有效条件：
- 双方真实意思表示：管辖协议必须是双方自愿、平等协商的结果，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 书面形式：管辖协议必须采用书面形式，可以是合同中的条款，也可以是单独的管辖协议。口头约定不具有法律效力。
- 不违反级别管辖和专属管辖：约定的管辖法院必须符合法律关于级别管辖和专属管辖的规定。例如，重大涉外案件或在本辖区有重大影响的案件应由中级人民法院管辖，若约定由基层法院管辖，则该约定无效。同时，对于不动产纠纷、港口作业纠纷等特定类型的案件，必须由法律规定的特定法院管辖，此时约定甲方住所地法院可能无效。
二、实际应用中的注意事项
明确甲方所在地：
- 在签订协议时，应清晰界定“甲方所在地”的具体含义和范围，以避免后续争议。对于自然人，通常指户籍所在地或经常居住地；对于法人或其他组织，则通常指注册地或主要办事机构所在地。
考虑案件性质：
- 在约定管辖法院时，应充分考虑案件的性质和可能涉及的专属管辖规定。例如，若案件涉及不动产，则应优先考虑不动产所在地法院管辖。
协议变更和撤销：
- 如需变更或撤销管辖协议，应协商一致并采用书面形式，同时遵循相关法律规定。任何单方面的变更或撤销都可能引发新的纠纷。
三、可能无效的情形
违反专属管辖：
- 如前所述，对于不动产纠纷、港口作业纠纷等特定类型的案件，必须由法律规定的特定法院管辖。若约定甲方住所地法院管辖，则可能因违反专属管辖而无效。
规避级别管辖：
- 若案件标的额或性质要求由上级法院审理，而双方通过约定甲方住所地基层法院管辖试图降低审级，该约定将被认定无效。
四、建议与总结
- 建议：在签订合同时，双方应充分了解并协商确定管辖法院，确保约定符合法律规定且明确无误。同时，建议在合同中明确约定管辖法院的具体名称和地址，以避免后续争议。
- 总结：约定由甲方住所地法院管辖在符合法律规定的前提下是有效的。然而，在实际操作中，双方应充分考虑案件性质、级别管辖和专属管辖等因素，确保约定的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。