约定甲方所在地法院管辖通常是有效的，但具体还需结合相关法律规定和合同条款来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律规定角度
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”
这意味着，只要双方当事人在合同中明确约定了甲方所在地法院作为管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定就是有效的。级别管辖主要根据案件的性质、影响范围和标的额大小来确定，而专属管辖则是指某些特定类型的案件只能由特定法院管辖，如不动产纠纷由不动产所在地法院管辖等。
二、合同条款角度
在审查合同条款时，除了确认管辖法院的约定是否明确外，还需要注意以下几点：
约定是否具体：管辖法院的约定应当具体明确，不能含糊不清。例如，不能仅约定“由甲方所在地法院管辖”，而应当明确甲方所在地的具体地址或法院名称。
是否违反法律规定：如前所述，管辖法院的约定不得违反级别管辖和专属管辖的规定。如果约定违反了这些规定，那么该约定将是无效的。
是否双方真实意思表示：管辖法院的约定应当是双方当事人的真实意思表示，不能存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订合同时被欺诈或胁迫，那么该约定可能因缺乏真实意思表示而被认定为无效。
三、实际操作角度
在实际操作中，如果双方当事人在合同中明确约定了甲方所在地法院管辖，并且该约定符合法律规定和合同条款的要求，那么在发生纠纷时，双方应当按照约定向甲方所在地法院提起诉讼。这有助于减少诉讼成本，提高诉讼效率。
四、特殊情况说明
当然，也存在一些特殊情况可能导致管辖法院的约定无效。例如，如果合同本身存在无效情形（如违反法律、行政法规的强制性规定），那么合同中的管辖法院约定也可能因此无效。此外，如果双方当事人在合同签订后对管辖法院进行了变更，并且该变更符合法律规定和合同条款的要求，那么应当以变更后的约定为准。
建议：在签订合同时，双方应当充分协商并明确约定管辖法院，以确保在发生纠纷时能够顺利解决。同时，也建议双方在签订合同前咨询专业律师的意见，以确保合同条款的合法性和有效性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。