合同中约定由甲方所在地或合同签署地法院管辖的条款，在符合法律规定的情况下是有效的。以下从多个角度为你详细分析：

法律规定角度

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”在你所描述的合同条款中，甲方所在地和合同签署地通常都属于与争议有实际联系的地点，只要该约定没有违反级别管辖和专属管辖的规定，就是合法有效的。

实际联系角度

1. 甲方所在地：甲方作为合同的一方，其所在地与合同纠纷有着直接的联系。例如，如果合同涉及甲方的业务开展、资产所在地等，那么甲方所在地的法院对于审理该合同纠纷可能更为便利，能够更好地了解合同背景和相关情况。
2. 合同签署地：合同签署地是合同成立的重要地点，它见证了合同双方达成合意的时刻。选择合同签署地法院管辖，有助于在合同履行过程中出现纠纷时，快速、有效地解决争议，因为合同签署地的法院可能对合同的形成过程、双方的真实意思表示等有更深入的了解。

约定有效性保障角度

为了确保该管辖约定的有效性，你需要注意以下几点：

1. 书面形式：管辖协议必须采用书面形式，可以是合同中的条款，也可以是单独的管辖协议。口头约定的管辖条款是无效的。
2. 明确具体：约定应当明确具体，避免使用模糊、歧义的表述。例如，“甲方所在地”应当明确为甲方的注册地、主要营业地还是其他具体地点；“合同签署地”也应当明确为具体的城市或地区。
3. 不违反法律规定：如前所述，管辖约定不得违反级别管辖和专属管辖的规定。例如，如果合同纠纷属于应当由中级人民法院管辖的案件，那么双方约定由基层人民法院管辖就是无效的。

实际应用中的注意事项

1. 在签订合同时：双方应当充分协商，明确管辖法院，并在合同中清晰、准确地表述出来。这有助于在合同履行过程中出现纠纷时，减少管辖争议，提高诉讼效率。
2. 在发生纠纷时：如果一方对管辖法院有异议，应当在提交答辩状期间提出。人民法院会审查管辖协议是否有效，并作出相应的裁定。如果管辖协议无效，那么案件将按照法定管辖的规定确定管辖法院。

建议：在签订合同时，务必重视管辖条款的约定，确保其合法有效。如果对管辖条款的约定存在疑问或不确定，可以咨询专业律师，以避免后续可能出现的管辖争议。如果你有具体的合同纠纷问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。