合同约定由甲方或项目所在地法院管辖，在符合法律规定的前提下，通常是有效的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，合同或其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，包括被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。这一规定为当事人选择管辖法院提供了法律依据，并明确了选择范围和限制条件。
二、甲方或项目所在地法院管辖的有效性分析
符合实际联系要求：
- 甲方所在地或项目所在地通常与合同履行、权利义务关系具有直接关联，因此可以视为“与争议有实际联系的地点”。
- 约定由甲方或项目所在地法院管辖，符合民事诉讼法关于协议管辖的实际联系要求。
不违反级别管辖和专属管辖：
- 只要案件不属于法律规定的必须由特定级别法院（如中级人民法院）或专属法院（如不动产所在地法院）管辖的情形，约定甲方或项目所在地法院就不会触发无效条款。
- 例如，如果合同纠纷不涉及不动产、港口作业或继承遗产等专属管辖的情形，且案件标的额或性质不要求由上级法院审理，则约定甲方或项目所在地法院管辖是有效的。
形式合法性：
- 管辖条款必须以书面形式存在于合同中，或通过补充协议、独立管辖协议等文件固定。口头约定不具有法律效力。
- 因此，在签订合同时，应确保管辖条款以书面形式明确约定，并由双方签字或盖章确认。
三、可能导致无效的情形及注意事项
违反专属管辖规定：
- 如涉及不动产纠纷，依法应由不动产所在地法院管辖。此时，约定甲方或项目所在地法院（除非项目所在地即为不动产所在地）将无效。
- 因此，在涉及不动产等特定类型案件时，应特别注意专属管辖的规定，避免无效约定。
规避级别管辖规则：
- 若案件标的额或性质要求由上级法院审理，而双方通过约定甲方或项目所在地基层法院管辖试图降低审级，该约定将被认定无效。
- 因此，在约定管辖法院时，应了解并遵守级别管辖的规定，确保约定合法有效。
明确甲方或项目所在地的具体含义：
- 在签订协议时，应清晰界定“甲方所在地”或“项目所在地”的具体含义和范围，以避免后续争议。
- 对于自然人甲方，通常指户籍所在地或经常居住地；对于法人或其他组织甲方，则通常指注册地或主要办事机构所在地。项目所在地则应根据项目实际情况确定。
书面形式要求：
- 管辖协议必须采用书面形式，包括合同中的条款或单独的管辖协议等。口头约定不具有法律效力。
- 因此，在签订合同时，应确保管辖条款以书面形式明确约定，并保留好相关证据材料。
四、实际操作中的处理建议
在合同中明确约定管辖法院：
- 为避免后续争议和纠纷，建议在合同中明确约定管辖法院的具体名称或范围。
- 例如，可以约定“因本合同引起的或与本合同有关的任何争议，双方应友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权向甲方所在地/项目所在地有管辖权的人民法院提起诉讼”。
了解并遵守相关法律规定：
- 在约定管辖法院时，应了解并遵守民事诉讼法关于协议管辖、级别管辖和专属管辖的规定。
- 如有疑问或不确定之处，建议咨询专业律师以获取准确法律意见。
考虑增加管辖冲突解决条款：
- 为避免潜在的管辖冲突和不必要的法律纠纷，可以在合同中增加关于管辖冲突的解决条款。
- 例如，可以约定“若因本合同引起的或与本合同有关的任何争议涉及多个管辖法院时，双方应协商解决；协商不成的，由先立案的人民法院管辖；若立案时间难以分清先后，则由两地人民法院协商解决；协商解决不了的，由它们的共同上级人民法院指定管辖”。
综上所述，合同约定由甲方或项目所在地法院管辖在符合民事诉讼法相关规定的前提下是有效的。但为避免潜在的法律风险和纠纷，建议在签订合同时明确约定管辖法院的具体名称或范围，并了解并遵守相关法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。