若公司超过三个月未办理转正手续，劳动者是否有权主张赔偿金需分情况讨论，具体计算方式如下：

1. 劳动合同明确约定试用期期限且未超法定上限
   根据《劳动合同法》第19条，试用期期限由劳动合同约定且不得超过法定标准（如3年以上固定期限合同试用期不得超6个月）。若劳动合同明确约定试用期为3个月，但公司未在到期后办理转正手续（如未调整薪资、未签转正确认书等），劳动者无权直接主张赔偿金，但可要求公司：

   • 立即办理转正手续，按转正后工资标准补发试用期满后的工资差额；
     
   • 若公司拒绝转正且违法解除合同，可主张违法解除赔偿金（按工作年限×2×月工资计算）。
     

2. 劳动合同未约定试用期或约定违法（如超法定上限）
   若公司未与劳动者约定试用期，或约定的试用期超过法定上限（如合同期1年却约定6个月试用期），则超出部分无效，公司需按转正后工资标准补发超期试用期的工资差额。例如：

   • 合同期1年，约定试用期6个月，实际超期3个月，公司需补发这3个月的工资差额（转正后工资-试用期工资）；
     
   • 若超期试用后公司违法解除合同，劳动者可主张违法解除赔偿金（计算基数为实际工作月数的平均工资）。
     

3. 公司以“不转正”为由变相延长试用期或降低待遇
   若公司未明确拒绝转正，但通过不调整薪资、不签转正协议等方式变相延长试用期，或单方面降低劳动者待遇，劳动者可主张公司未按约定提供劳动条件，要求：

   • 公司立即按合同约定履行转正义务；
     
   • 补发工资差额及可能的经济补偿（如因此被迫离职，可主张N个月工资的经济补偿）。
     

关键提醒：

• 赔偿金的主张需以公司存在违法行为为前提（如违法解除、未按约定转正等），若公司仅是拖延办理手续但未损害劳动者权益（如薪资未降低），则可能仅涉及补办手续而非赔偿；
  
• 劳动者需保留劳动合同、工资记录、转正沟通记录等证据，以证明公司未履行转正义务或存在违法行为。
  

如有具体细节需进一步分析（如合同条款、公司行为等），可直接向我咨询。