事业单位合同工生病后，主要涉及医疗期权益保障、劳动合同处理及病假工资支付等问题，具体处理方式如下：

1. 医疗期权益保障
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，事业单位合同工同样享有医疗期保护。医疗期长度根据本人实际工作年限和在本单位工作年限确定（如3-24个月），期间单位不得随意解除劳动合同。若医疗期满后仍不能从事原工作或另行安排的工作，单位需提前30日书面通知或额外支付1个月工资后解除合同，并依法支付经济补偿。

2. 病假工资支付标准
   医疗期内，单位应按不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资。具体比例可能因地区政策略有差异（如部分地区规定连续工龄不满2年按60%支付），需结合当地规定执行。若单位未支付或低于标准，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 劳动合同处理流程

   • 医疗期内：单位不得以“不能胜任工作”或“客观情况重大变化”为由解除合同，但员工存在严重违纪等过失性情形除外。
     
   • 医疗期满后：单位需进行劳动能力鉴定，若员工无法从事原工作且无法调整岗位，可依法解除合同并支付经济补偿（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
     
   • 特殊疾病保护：对患癌症、精神病等特殊疾病员工，部分地区规定医疗期可适当延长，需以地方政策为准。

4. 社保与福利待遇延续
   医疗期内，单位应继续为员工缴纳社会保险和住房公积金，员工可依法享受医保报销待遇。若单位停缴导致员工无法享受医保，可要求单位补缴并承担相应医疗费用。

建议行动步骤：

1. 及时向单位提交医院诊断证明及病假建议书，办理病假手续；
   
2. 核对单位支付的病假工资是否符合当地标准；
   
3. 若医疗期满后面临合同解除，要求单位出具书面通知并核算经济补偿；
   
4. 保留所有医疗证明、工资条等证据，以备维权使用。
   

如有具体争议（如单位违法解除、工资拖欠等），可进一步说明情况，我将为您分析维权路径。